二十三年春正月癸卯，遣都督僉事李宗城、指揮楊方亨封平秀吉為日本國王。三月乙未，賜硃之蕃等進士及第、出身有差。夏五月丁酉，京師地震，敕修省。秋九月戊寅，青海部長永邵卜犯甘肅，參將達云敗之。乙酉，詔復建文年號。冬十一月辛未，湖廣災，蠲振有差。十二月辛丑，大學士趙志皋等請發留中章奏，不報。是年，江北大水，淮溢，浸泗州祖陵。
二十四年春二月戊申，麻貴襲河套部，敗之。三月乙亥，乾清、坤寧兩宮災，敕修省。壬辰，下詔自責。是月，火落赤犯洮河，總兵官劉綎破走之。夏四月己亥，李宗城自倭營奔還王京。五月戊辰，河套部敵犯甘肅，總兵官楊浚擊破之。庚午，復議封倭，命都督僉事楊方亨、游擊沈惟敬往。六月，振福建饑。秋七月丁卯，吏部尚書孫丕揚請發推補官員章疏，不報。戊寅，仁圣皇太后崩。乙酉，始遣中官開礦于畿內。未幾，河南、山東、山西、浙江、陜西悉令開采，以中官領之。群臣屢諫不聽。閏八月乙丑朔，日有食之。丁卯，大學士趙志皋請視朝，發章奏，罷采礦，不報。九月乙未，楊方亨至日本，平秀吉不受封，復侵朝鮮。乙卯，葬孝安莊皇后。是月，河套部犯寧夏。總兵官李如柏擊敗之。是秋，河決黃堌口。冬十月丙子，停刑。乙酉，始命中官榷稅通州。是后，各省皆設稅使。群臣屢諫不聽。十二月乙亥，陳于陛卒。
二十五年春正月丙辰，朝鮮使來請援。二月丙寅，復議征倭。丙子，前都督同知麻貴為備倭總兵官，統南北諸軍。三月乙巳，山東右參政楊鎬為僉都御史，經略朝鮮軍務。己未，兵部侍郎邢玠為尚書，總督薊、遼、保定軍務，經略御倭。夏六月戊寅，皇極、中極、建極三殿災。癸未，罷修國史。秋七月癸巳，誡諭群臣。丁酉，詔赦天下。是月，楊應龍叛，掠合江、綦江。八月丁丑，倭破朝鮮閑山，遂薄南原，副總兵楊元棄城走，倭逼王京。甲申，京師地震。九月壬辰，逮前兵部尚書石星下獄，論死。冬十月甲戌，安南黎惟潭篡立，款關請罪，詔授安南都統使。是年，琉球入貢。
二十六年春正月，官軍攻倭于蔚山，不克，楊鎬、麻貴奔王京。三月癸卯，賜趙秉忠等進士及第、出身有差。壬子，群臣詣文華門疏請皇長子冠婚，不允。夏四月丁卯，遼東總兵官李如松出塞，遇伏戰死。壬申，京師旱，敕修省。六月丁巳，楊鎬罷。戊午，中官李敬采珠廣東。丙寅，張位罷。丙子，巡撫天津僉都御史萬世德經略朝鮮。秋七月丙戌，中官魯保鬻兩淮余鹽。八月丁丑，京師地震。九月壬辰，免浙江被災田租。冬十月乙卯，總兵官劉綎、麻貴分道擊倭，敗之。董一元攻倭新寨，敗績。十一月戊戌，倭棄蔚山遁，官軍分道進擊。十二月，總兵官陳璘破倭于乙山，朝鮮平。是年，烏斯藏入貢。
二十七年春二月壬子，分遣中官領浙江、福建、廣東市舶司。是月，貴州巡撫江東之遣兵討楊應龍，敗績。三月己亥，前兵部侍郎李化龍總督川、湖、貴州軍務，討楊應龍。夏四月甲戌，御午門，受倭俘。是月，臨清民變，焚稅使馬堂暑，殺其參隨三十四人。閏月丙戌，以倭平，詔天下，除東征加派田賦。己丑，久旱，敕修省。丙申，以諸皇子婚，詔取太倉銀二千四百萬兩。戶部告匱，命嚴核天下積儲。六月己亥，楊應龍陷綦江，參將房嘉寵、游擊張良賢戰死。秋八月甲午，陜西狄道縣山崩。九月，土蠻犯錦州。
冬十月壬午，振京城饑民。丙戌，以播州用兵，加四川、湖廣田賦。戊子，貴州宣慰使安疆臣有罪，詔討賊自贖。十一月己酉，免河南被災田租。癸酉，振畿輔及鳳陽等處饑。十二月丁丑，武昌、漢陽民變，擊傷稅使陳奉。戊子，振京師就食流民。是年，琉球入貢。