二十八年春二月戊寅，京師地震。丙戌，李化龍帥師分八路進討播州。夏六月丁丑，克海龍囤，楊應龍自縊死，播州平。秋七月辛亥，旱，敕修省。八月辛未，慈慶宮成。丙子，罷朝鮮戍兵。九月甲寅，停刑。是秋，炒花犯遼東，副總兵解生等敗沒。冬十月辛未，貴州皮林苗叛，總兵官陳璘討之。丙子，云南稅監楊榮開采阿瓦、孟密寶井。十二月乙未，御午門，受播州俘。是年，兩畿各省災傷，民饑盜起，內外群臣交章請罷礦稅諸監，皆不聽。大西洋利瑪竇進方物。
二十九年春正月壬子，以播州平，詔天下，蠲四川、貴州、湖廣、云南加派田租逋賦，除官民詿誤罪。是月，皮林苗賊平。二月甲戌，振大同、宣府饑。三月乙卯，賜張以誠等進士及第、出身有差。是月，武昌民變，殺稅監陳奉參隨六人，焚巡撫公署。夏四月乙酉，征陳奉還，以守備承天中官杜茂代之。五月，蘇州民變，殺織造中官孫隆參隨數人。六月，京師自去年六月不雨，至是月乙亥始雨。山東、山西、河南皆大旱。丁亥，法司請熱審，不報。是夏，振畿內饑。秋九月壬寅，河決開封、歸德。丁未，趙志皋卒。癸丑，振貴州饑。戊午，前禮部尚書沈鯉、硃賡并兼東閣大學士，預機務。冬十月己卯，立皇長子常洛為皇太子，封諸子常洵福王，常浩瑞王，常潤惠王，常瀛桂王。詔赦天下。壬辰，加上慈圣皇太后尊號。十二月辛未，詔復朵顏馬市。是年，琉球入貢。
三十年春正月己未，以四方災異敕修省。二月己卯，不豫，召大學士沈一貫于啟祥宮，命罷礦稅，停織造，釋逮擊，復建言諸臣職。翼日，疾瘳，寢前詔。甲申，重建乾清、坤寧宮。閏月丙申，復河套諸部貢市。戊午，河州黃河竭。三月甲申，騰越民變，殺稅監委官。夏四月辛丑，振順天、永平饑。五月乙亥，法司請熱審，不報。秋七月辛巳，邊餉缺，命嚴催積逋。是月，緬賊陷蠻莫宣撫司，宣撫思正奔騰越，賊追至，有司殺正以謝賊，始解。冬十月戊戌，振江北災。丙辰，停刑。是年，琉球、哈密入貢。
三十一年春三月戊午，吏部奏天下郡守闕員，不報。是月，播州余賊吳洪等作亂，有司討平之。夏四月丁亥朔，日有食之。五月丙辰，閣臣請熱審，不報。戊寅，京師地震。鳳陽大雨雹，毀皇陵殿脊。是夏，河決蘇家莊，北浸豐、沛、魚臺、單縣。秋九月甲子，江北盜起。冬十月甲申，停刑。丙申，睢州賊楊思敬作亂，有司討擒之。十一月甲子，獲妖書，言帝欲易太子，詔五城大索。十二月丙戌，召見皇太子于啟祥宮，賜手敕慰諭。
三十二年春二月壬寅，閣臣請補司道郡守及遣巡方御史，不報。三月甲子，乾清宮成。乙丑，賜楊守勤等進士及第、出身有差。夏四月辛巳朔，日有食之。是月，浚泇河工成。五月癸酉，雷火焚長陵明樓。六月丙戌，以陵災，命補闕官恤刑獄。丁酉，昌平大水，壞長、泰、康、昭四陵石梁。秋七月庚戌，京師大雨，壞城垣。辛酉，振被水居民。八月辛丑，群臣伏文華門，疏請修舉實政，降旨切責。丙午，分水河工成。九月戊申，振畿南六府饑。閏月辛丑，武昌宗人蘊鉁等作亂，殺巡撫都御史趙可懷。冬十月甲寅，始敘平播州功。
是年，琉球、烏斯藏入貢。