嚴嵩、徐階遞當國，以拱他日當得重，薦之世宗。拜太常卿，掌國子監祭酒事。四十一年，擢禮部左侍郎。尋改吏部，兼學士，掌詹事府事。進禮部尚書，召入直廬。撰齋詞，賜飛魚服。四十五年，拜文淵閣大學士，與郭樸同入閣。拱與樸皆階所薦也。
世宗居西苑，閣臣直廬在苑***未有子，移家近直廬，時竊出。一日，帝不豫，誤傳非常，拱遽移具出。始階甚親拱，引入直。拱驟貴，負氣頗忤階。給事中胡應嘉，階鄉人也，以劾拱姻親自危。且瞷階方與拱郤，遂劾拱不守直廬，移器用于外。世宗病，勿省也。拱疑應嘉受階指，大憾之。
穆宗即位，進少保兼太子太保。階雖為首輔，而拱自以帝舊臣，數與之抗，樸復助之，階漸不能堪。而是時以勤與張居正皆入閣，居正亦侍裕邸講。階草遺詔，獨與居正計，拱心彌不平。會議登極賞軍及請上裁去留大臣事，階悉不從拱議，嫌益深。應嘉掌吏科，佐部院考察，事將竣，忽有所論救。帝責其牴牾，下閣臣議罰。樸奮然曰：「應嘉無人臣禮，當編氓。」階旁睨拱，見拱方怒，勉從之。言路謂拱以私怨逐應嘉，交章劾之。給事中歐陽一敬劾拱尤力。階于拱辯疏，擬旨慰留，而不甚譴言者。拱益怒，相與忿詆閣中。御史齊康為拱劾階，康坐黜。于是言路論拱者無虛日，南京科道至拾遺及之。拱不自安，乞歸，遂以少傅兼太子太傅、尚書、大學士養病去。隆慶元年五月也。拱以舊學蒙眷注，性強直自遂，頗快恩怨，卒不安其位去。既而階亦乞歸。
三年冬，帝召拱以大學士兼掌吏部事。拱乃盡反階所為，凡先朝得罪諸臣以遺詔錄用贈恤者，一切報罷。且上疏極論之曰：「《明倫大典》頒示已久。今議事之臣假托詔旨，凡議禮得罪者悉從褒顯，將使獻皇在廟之靈何以為享？先帝在天之靈何以為心？而陛下歲時入廟，亦何以對越二圣？臣以為未可。」帝深然之。法司坐方士王金等子弒父律。拱復上疏曰：「人君隕于非命，不得正終，其名至不美。先帝臨御四十五載，得歲六十有余。末年抱病，經歲上賓，壽考令終，曾無暴遽。今謂先帝為王金所害，誣以不得正終，天下后世視先帝為何如主？乞下法司改議。」帝復然拱言，命減戍。拱之再出，專與階修郤，所論皆欲以中階重其罪。賴帝仁柔，弗之竟也。階子弟頗橫鄉里。拱以前知府蔡國熙為監司，簿錄其諸子，皆編戍。所以扼階者，無不至。逮拱去位，乃得解。
拱練習政體，負經濟才，所建白皆可行。其在吏部，欲遍識人才，授諸司以籍，使署賢否，志里姓氏，月要而歲會之。倉卒舉用，皆得其人。又以時方憂邊事，請增置兵部侍郎，以儲總督之選。由侍郎而總督，由總督而本兵，中外更番，邊材自裕。又以兵者專門之學，非素習不可應卒。儲養本兵，當自兵部司屬始。宜慎選司屬，多得智謀才力曉暢軍旅者，久而任之，勿遷他曹。他日邊方兵備督撫之選，皆于是取之。更各取邊地之人以備司屬，如銓司分省故事，則題覆情形可無捍格，并重其賞罰以鼓勵之。凡邊地有司，其責頗重，不宜付雜流及遷謫者。皆報可，著為令。拱又奏請科貢與進士并用，勿循資格。其在部考察，多所參伍，不盡憑文書為黜陟，亦不拘人數多寡，黜者必告以故，使眾咸服。古田瑤賊亂，用殷正茂總督兩廣。曰：「是雖貪，可以集事。」貴州撫臣奏土司安國亨將叛，命阮文中代為巡撫。臨行語之曰：「國亨必不叛，若往，無激變也。」即而如其言。以廣東有司多貪黷，特請旌廉能知府侯必登，以歷其余。又言馬政、鹽政之官，名為卿、為使，而實以閑局視之，失人廢事，漸不可訓。惟教官驛遞諸司，職卑錄薄，遠道為難，宜銓注近地，以恤其私。詔皆從之。拱所經畫，皆此類也。
俺答孫把漢那吉來降，總督王崇古受之，請于朝，乞授以官。朝議多以為不可，拱與居正力主之。遂排眾議請于上，而封貢以成。事具崇古傳。進拱少師兼太子太師、尚書、大學士，改建極殿。拱以邊境稍寧，恐將士惰玩，復請敕邊臣及時閑暇，嚴為整頓，仍時遣大臣閱視。帝皆從之。遼東奏捷，進柱國、中極殿大學士。