嚴訥請告歸，命郭樸、高拱入閣，與春芳同輔政，事仍決于階。階數請立太子，不報。已而景王之籓，病薨，階奏奪景府所占陂田數萬頃還之民，楚人大悅。帝欲建雩壇及興都宮殿，階力止之。鄢懋卿驟增鹽課四十萬金，階風御史請復故額。方士胡大順等勸帝餌金丹，階力陳其矯誣狀，大順等尋伏法。帝服餌病躁，戶部主事海瑞極陳帝失，帝恚甚，欲即殺之，階力救得系。帝病甚，忽欲幸興都，階力爭乃止。未幾，帝崩。階草遺詔，凡齋醮、土木、珠寶、織作悉罷，「大禮」大獄、言事得罪諸臣悉牽復之。詔下，朝野號慟感激，比之楊廷和所擬登極詔書，為世宗始終盛事云。
同列高拱、郭樸以階不與共謀，不樂。樸曰：「徐公謗先帝，可斬也。」拱初侍穆宗裕邸，階引之輔政，然階獨柄國，拱心不平。世宗不豫時，給事中胡應嘉嘗劾拱，拱疑階嗾之。隆慶元年，應嘉以救考察被黜者削籍去，言者謂拱修舊郤，脅階，斥應嘉。階復請薄應嘉罰，言者又劾拱。拱欲階擬杖，階從容譬解，拱益不悅。令御史齊康劾階，言其二子多干請及家人橫里中狀。階疏辯，乞休。九卿以下交章劾拱譽階，拱遂引疾歸。康竟斥，樸亦以言者攻之，乞身去。
給事、御史多起廢籍，恃階而強，言多過激。帝不能堪，諭階等處之。同列欲擬譴，階曰：「上欲譴，我曹當力爭，乃可導之譴乎。」請傳諭令省改。帝亦勿之罪。是年，詔翰林撰中秋宴致語，階言：「先帝未撤幾筵，不可宴樂。」帝為罷宴。帝命中官分督團營，階力陳不可而止。南京振武營兵屢嘩，階欲汰之。慮其據孝陵不可攻也，先令操江都御史唐繼錄督江防兵駐陵傍，而徐下兵部分散之。事遂定。群小珰毆御史于午門，都御史王廷將糾之，階曰：「不得主名，劾何益？且慮彼先誣我。」乃使人以好語誘大珰，先錄其主名。廷疏上，乃分別逮治有差。階之持正應變，多此類也。
階所持諍，多宮禁事，行者十**，中官多側目。會帝幸南海子，階諫，不從。方乞休，而給事中張齊以私怨劾階，階因請歸。帝意亦漸移，許之。賜馳驛。以春芳請，給夫廩，璽書褒美，行人導行，如故事。陛辭，賜白金、寶鈔、彩幣、襲衣。舉朝皆疏留，報聞而已。王廷后刺得張齊納賄事，劾戍之邊。階既行，春芳為首輔，未幾亦歸。拱再出，扼階不遺余力。郡邑有司希拱指，爭齮晷階，盡奪其田，戍其二子。會拱復為居正所傾而罷，事乃解。萬歷十年，階年八十，詔遣行人存問，賜璽書、金幣。明年卒。贈太師，謚文貞。階立朝有相度，保全善類。嘉、隆之政，多所匡救。間有委蛇，亦不失大節。
階弟陟，嘉靖二十六年進士。累官南京刑部侍郎。子璠，以廕官太常卿；琨、瑛，尚寶卿。孫元春，進士，亦官太常卿。元春孫本高，官錦衣千戶，天啟中拒魏忠賢建祠奪職。崇禎改元，以薦起，累官左都督。諸生念祖，國變城破，與妻張，二妾陸、李，皆自縊。
高拱，字肅卿，新鄭人。嘉靖二十年進士。選庶吉士。逾年，授編修。穆宗居裕邸，出閣請讀，拱與檢討陳以勤并為侍講。世宗諱言立太子，而景王未之國，中外危疑。拱侍裕邸九年，啟王益敦孝謹，敷陳剴切。王甚重之，手書「懷賢忠貞」字賜焉。累遷侍講學士。