居正自奪情后，益偏恣。其所黜陟，多由愛憎。左右用事之人多通賄賂。馮保客徐爵擢用至錦衣衛指揮同知，署南鎮撫。居正三子皆登上第。蒼頭游七入貲為官，勛戚文武之臣多與往還，通姻好。七具衣冠報謁，列于士大夫。世以此益惡之。
亡何，居正病。帝頻頒敕諭問疾，大出金帛為醫藥資。四閱月不愈，百官并齋醮為祈禱。南都、秦、晉、楚、豫諸大吏，亡不建醮。帝令四維等理閣中細務，大事即家令居正平章。居正始自力，后憊甚不能遍閱，然尚不使四維等參之。及病革，乞歸。上復優詔慰留，稱「太師張太岳先生」。居正度不起，薦前禮部尚書潘晟及尚書梁夢龍、侍郎余有丁、許國、陳經邦，已，復薦尚書徐學謨、曾省吾、張學顏、侍郎王篆等可大用。帝為黏御屏。晟，馮保所受書者也，強居正薦之。時居正已昏甚，不能自主矣。及卒，帝為輟朝，諭祭九壇，視國公兼師傅者。居正先以六載滿，加特進中極殿大學士；以九載滿，加賜坐蟒衣，進左柱國，廕一子尚寶丞；以大婚，加歲祿百石，錄子錦衣千戶為指揮僉事；以十二載滿，加太傅；以遼東大捷，進太師，益歲祿二百石，子由指揮僉事進同知。至是，贈上柱國，謚文忠，命四品京卿、錦衣堂上官、司禮太監護喪歸葬。于是四維始為政，而與居正所薦引王篆、曾省吾等交惡。
初，帝所幸中官張誠見惡馮保，斥于外，帝使密诇保及居正。至是，誠復入，悉以兩人交結恣橫狀聞，且謂其寶藏逾天府。帝心動。左右亦浸言保過惡，而四維門人御史李植極論徐爵與保挾詐通奸諸罪。帝執保禁中，逮爵詔獄。謫保奉御居南京，盡籍其家金銀珠寶巨萬計。帝疑居正多蓄，益心艷之。言官劾篆、省吾，并劾居正，篆、省吾俱得罪。新進者益務攻居正。詔奪上柱國、太師，再奪謚。居正諸所引用者，斥削殆盡。召還中行、用賢等，遷官有差。劉臺贈官，還其產。御史羊可立復追論居正罪，指居正構遼庶人憲節獄。庶人妃因上疏辯冤，且曰：「庶人金寶萬計，悉入居正。」帝命司禮張誠及侍郎丘橓偕錦衣指揮、給事中籍居正家。誠等將至，荊州守令先期錄人口，錮其門，子女多遁避空室中。比門啟，餓死者十余輩。誠等盡發其諸子兄弟藏，得黃金萬兩，白金十余萬兩。其長子禮部主事敬修不勝刑，自誣服寄三十萬金于省吾、篆及傅作舟等，尋自縊死。事聞，時行等與六卿大臣合疏，請少緩之；刑部尚書潘季馴疏尤激楚。詔留空宅一所、田十頃，贍其母。而御史丁此呂復追論科場事，謂高啟愚以舜、禹命題，為居正策禪受。尚書楊巍等與相駁。此呂出外，啟愚削籍。后言者復攻居正不已。詔盡削居正官秩，奪前所賜璽書、四代誥命，以罪狀示天下，謂當剖棺戮死而姑免之。其弟都指揮居易、子編修嗣修，俱發戍煙瘴地。
終萬歷世，無敢白居正者。熹宗時，廷臣稍稍追述之。而鄒元標為都御史，亦稱居正。詔復故官，予葬祭。崇禎三年，禮部侍郎羅喻義等訟居正冤。帝令部議，復二廕及誥命。十三年，敬修孫同敞請復武廕，并復敬修官。帝授同敞中書舍人，而下部議敬修事。尚書李日宣等言：「故輔居正，受遺輔政，事皇祖者十年，肩勞任怨，舉廢飭弛，弼成萬歷初年之治。其時中外乂安，海內殷阜，紀綱法度，莫不修明。功在社稷，日久論定，人益追思。」帝可其奏，復敬修官。
同敞負志節，感帝恩，益自奮。十五年，奉敕慰問湖廣諸王，因令調兵云南。未復命，兩京相繼失，走詣福建。唐王亦念居正功，復其錦衣世廕，授同敞指揮僉事。尋奉使湖南。聞汀州破，依何騰蛟于武岡。永明王用廷臣薦，改授同敞侍讀學士。為總兵官劉承胤所惡，言翰林、吏部、督學必用甲科，乃改同敞尚寶卿。以大學士瞿式耜薦，擢兵部右侍郎兼翰林侍讀學士，總督諸路軍務。
同敞有文武材，意氣慷慨。每出師，輒躍馬為諸將先。或敗奔，同敞危坐不去，諸將復還戰，或取勝。軍中以是服同敞。大將王永祚等久圍永州，大兵赴救，胡一青率眾迎敵，戰敗。同敞馳至全州，檄楊國棟兵策應，乃解去。順治七年，大兵破嚴關，諸將盡棄桂林走。城中虛無人，獨式耜端坐府中。適同敞自靈川至，見式耜。式耜曰：「我為留守，當死此。子無城守責，盍去諸？」同敞正色曰：「昔人恥獨為君子，公顧不許同敞共死乎？」式耜喜，取酒與飲，明燭達旦。侵晨被執，諭之降，不從。令為僧，亦不從。乃幽之民舍。雖異室，聲息相聞，兩人日賦詩倡和。閱四十余日，整衣冠就刃，顏色不變。既死，同敞尸植立，首墜躍而前者三，人皆辟易。