居正乞歸葬父，帝使尚寶少卿鄭欽、錦衣指揮史繼書護歸，期三月，葬畢即上道。仍命撫按諸臣先期馳賜璽書敦諭。范「帝賚忠良」銀印以賜之，如楊士奇、張孚敬例，得密封言事。戒次輔呂調陽等「有大事毋得專決，馳驛之江陵，聽張先生處分。」居正請廣內閣員，詔即令居正推。居正因推禮部尚書馬自強、吏部右侍郎申時行入閣。自強素迕居正，不自意得之，頗德居正，而時行與四維皆自昵于居正，居正乃安意去。帝及兩宮賜賚慰諭有加禮，遣司禮太監張宏供張餞郊外，百僚班送。所過地，有司節廚傳，治道路。遼東奏大捷，帝復歸功居正。使使馳諭，俾定爵賞。居正為條列以聞。調陽益內慚，堅臥，累疏乞休不出。
居正言母老不能冒炎暑，請俟清涼上道。于是內閣、兩都部院寺卿、給事、御史俱上章，請趣居正亟還朝。帝遣錦衣指揮翟汝敬馳傳往迎，計日以俟；而令中官護太夫人以秋日由水道行。居正所過，守臣率長跪，撫按大吏越界迎送，身為前驅。道經襄陽，襄王出候，要居正宴。故事，雖公侯謁王執臣禮，居正具，賓主而出。過南陽，唐王亦如之。抵郊外，詔遣司禮太監何進宴勞，兩宮亦各遣大珰李琦、李用宣諭，賜八寶金釘川扇、御膳、餅果、醪醴，百僚復班迎。入朝，帝慰勞懇篤，予假十日而后入閣，仍賜白金、彩幣、寶鈔、羊酒，因引見兩宮。及秋，魏朝奉居正母行，儀從煊赫，觀者如堵。比至，帝與兩宮復賜賚加等，慰諭居正母子，幾用家人禮。
時帝漸備六宮，太倉銀錢多所宣進。居正乃因戶部進御覽數目陳之，謂每歲入額不敵所出，請帝置坐隅時省覽，量入為出，罷節浮費。疏上，留中。帝復令工部鑄錢給用，居正以利不勝費止之。言官請停蘇、松織造，不聽。居正為面請，得損大半。復請停修武英殿工，及裁外戚遷官恩數，帝多曲從之。帝御文華殿，居正侍講讀畢，以給事中所上災傷疏聞，因請振。復言：「上愛民如子，而在外諸司營私背公，剝民罔上，宜痛鉗以法。而皇上加意撙節，于宮中一切用度、服御、賞賚、布施，裁省禁止。」帝首肯之，有所蠲貸。居正以江南貴豪怙勢及諸奸猾吏民善逋賦，選大吏精悍者嚴行督責。賦以時輸，國藏日益充，而豪猾率怨居正。
居正服將除，帝召吏部問期日，敕賜白玉帶、大紅坐蟒、盤蟒。御平臺召對，慰諭久之。使中官張宏引見慈慶、慈寧兩宮，皆有恩賚，而慈圣皇太后加賜御膳九品，使宏侍宴。
帝初即位，馮保朝夕視起居，擁護提抱有力，小捍格，即以聞慈圣。慈圣訓帝嚴，每切責之，且曰：「使張先生聞，奈何！」于是帝甚憚居正。及帝漸長，心厭之。乾清小珰孫海、客用等導上游戲，皆愛幸。慈圣使保捕海、用，杖而逐之。居正復條其黨罪惡，請斥逐，而令司禮及諸內侍自陳，上裁去留。因勸帝戒游宴以重起居，專精神以廣圣嗣，節賞賚以省浮費，卻珍玩以端好尚，親萬幾以明庶政，勤講學以資治理。帝迫于太后，不得已，皆報可，而心頗嗛保、居正矣。
帝初政，居正嘗纂古治亂事百余條，繪圖，以俗語解之，使帝易曉。至是，復屬儒臣紀太祖列圣《寶訓》、《寶錄》分類成書，凡四十：曰創業艱難，曰勵精圖治，曰勤學，曰敬天，曰法祖，曰保民，曰謹祭祀，曰崇孝敬，曰端好尚，曰慎起居，曰戒游佚，曰正宮闈，曰教儲貳，曰睦宗籓，曰親賢臣，曰去奸邪，曰納諫，曰理財，曰守法，曰儆戒，曰務實，曰正紀綱，曰審官，曰久任，曰重守令，曰馭近習，曰待外戚，曰重農桑，曰興教化，曰明賞罰，曰信詔令，曰謹名分，曰裁貢獻，曰慎賞賚，曰敦節儉，曰慎刑獄，曰褒功德，曰屏異端，曰節武備，曰御戎狄。其辭多警切，請以經筵之暇進講。又請立起居注，紀帝言動與朝內外事，日用翰林官四員入直，應制詩文及備顧問。帝皆優詔報許。