二月甲辰，改河南巡按御史張任學為總兵官。三月戊寅，賀逢圣致仕。是月，李自成自洮州出番地，總兵官曹變蛟追破之，復入塞，走西和、禮縣。夏四月辛丑，張獻忠偽降于谷城，熊文燦受之。戊申，張至發致仕。己酉，熒惑逆行，諭廷臣修省。五月癸亥朔，策試考選官于中左門。六月癸巳，安民廠災，壞城垣，傷萬余人。壬寅，孔貞運致仕。乙卯，兵部尚書楊嗣昌、戶部尚書程國祥、禮部侍郎方逢年、工部侍郎蔡國用俱禮部尚書，大理少卿范復粹為禮部侍郎，并兼東閣大學士，預機務。嗣昌仍掌兵部。是月，兩畿、山東、河南大旱蝗。秋七月乙丑，少詹事黃道周以論楊嗣昌奪情，謫按察司照磨。八月戊戌，以災異屢見，齋居永壽宮，諭廷臣修省。癸丑，傅冠致仕。戊午，停刑。流賊羅汝才等自陜州犯襄陽。
九月，陜西、山西旱饑。辛巳，大清兵入墻子嶺，總督薊遼兵部侍郎吳阿衡死之。
癸未，京師戒嚴。冬十月癸巳，盧象升入援，召對于武英殿。甲午，括馬。盧象升、高起潛分督援軍。是月，洪承疇、曹變蛟大破賊于潼關南原，李自成以數騎遁。十一月戊辰，大清兵克高陽，致仕大學士孫承宗死之。戊子，罷盧象升，戴罪立功。劉宇亮自請視師，許之。是月，羅汝才降。十二月庚子，方逢年罷。盧象升兵敗于巨鹿，死之。戊申，孫傳庭為兵部侍郎督援軍。征洪承疇入衛。是年，土魯番、琉球入貢。
十二年春正月己未朔，以時事多艱，卻廷臣賀。庚申，大清兵入濟南，德王由樞被執，布政使張秉文等死之。戊辰，劉宇亮、孫傳庭會師十八萬于晉州，不敢進。丁丑，改洪承疇總督薊、遼，孫傳庭總督保定、山東、河北。二月乙未，劉宇亮罷。大清兵北歸。三月丙寅，出青山口。凡深入二千里，閱五月，下畿內、山東七十余城。丙子，加上孝純皇太后謚，詔天下。夏四月戊申，程國祥致仕。
是月，左良玉擊降賊首李萬慶。五月甲子，禮部侍郎姚明恭、張四知，兵部侍郎魏照乘，俱禮部尚書兼東閣大學士，預機務。乙丑，張獻忠叛于谷城，羅汝才等起應之，陷房縣。乙亥，削孫傳庭籍，尋逮下獄。六月，畿內、山東、河南、山西旱蝗。己酉，抽練各鎮精兵，復加征練餉。秋七月壬申，左良玉討張獻忠，敗績于羅猴山，總兵官羅岱被執死之。熊文燦削籍，尋逮下獄。八月癸巳，詔誅封疆失事巡撫都御史顏繼祖，總兵官倪寵、祖寬，內臣鄧希詔、孫茂霖等三十三人，俱棄市。己亥，免唐縣等四十州縣去年田租之半。壬子，大學士楊嗣昌督師討賊，總督以下并聽節制。冬十月甲申朔，楊嗣昌誓師襄陽。甲午，左良玉為平賊將軍。
丙申，《欽定保民四事全書》成，頒布天下。十一月辛巳，祀天于南郊。十二月，羅汝才犯四川。丙午，下兵部尚書傅宗龍于獄。是年，琉球入貢。