十三年春閏正月乙酉，振真定饑。戊子，振京師饑民。癸卯，振山東饑。二月壬子朔，祀日于東郊。戊午，總督陜西三邊侍郎鄭崇儉大破張獻忠于太平縣之瑪瑙山，獻忠走歸州。戊寅，以久旱求直言。三月甲申，禱雨。丙戌，大風霾，詔清刑獄。戊子，罷各鎮內臣。丙申，賜魏藻德等進士及第、出身有差。戊戌，振畿內饑。丁未，免河北三府逋賦。夏四月戊午，逮江西巡撫僉都御史解學龍及所舉黃道周。己卯，吏部尚書謝升為禮部尚書，禮部侍郎陳演以原官并兼東閣大學士，預機務。五月，羅汝才犯夔州，石砫女官秦良玉連戰卻之。甲申，祀地于北郊。庚戌，姚明恭致仕。六月辛亥朔，總兵官賀人龍等分道逐賊，敗之，羅汝才走大寧。庚午，蔡國用卒。辛未，薛國觀罷。秋七月庚辰朔，畿內捕蝗。己丑，發帑振被蝗州縣。辛卯，左良玉及京營總兵官孫應元等大破羅汝才于興山。
汝才走巫山，與張獻忠合。八月甲戌，振江北饑。九月，陜西官軍圍李自成于巴西魚腹山中，自成走免。癸巳，張獻忠陷大昌，總兵官張令戰死。尋陷劍州、綿州。冬十月癸丑，熊文燦棄市。十一月，楊嗣昌進軍重慶。丁亥，祀天于南郊。
戊子，南京地震。十二月丁未朔，嚴軍機抄傳之禁。辛亥，張獻忠陷瀘州。乙卯，逮薛國觀。是月，李自成自湖廣走河南，饑民附之，連陷宜陽、永寧，殺萬安王采崿，陷偃師，勢大熾。是年，兩畿、山東、河南、山、陜旱蝗，人相食。
十四年春正月辛巳，祈谷于南郊。己丑，總兵官猛如虎追張獻忠及于開縣之黃陵城，敗績，參將劉士杰等戰死，賊遂東下。丙申，李自成陷河南，福王常洵遇害，前兵部尚書呂維祺等死之。二月己酉，詔以時事多艱，災異疊見，痛自刻責，停今歲行刑，諸犯俱減等論。庚戌，張獻忠陷襄陽，襄王翊銘、貴陽王常法并遇害，副使張克儉等死之。戊午，李自成攻開封，周王恭枵、巡按御史高名衡拒卻之。乙丑，張獻忠陷光州。己巳，召閣臣、九卿、科道于乾清宮左室。命駙馬都尉冉興讓等赍帑金振恤河南被難宗室。三月丙子朔，楊嗣昌自四川還，至荊州卒。乙酉，禱雨。丙申，洪承疇會八鎮兵于寧遠。丁酉，逮鄭崇儉下獄，尋棄市。夏四月壬子，大清兵攻錦州，祖大壽拒守。己未，總督三邊侍郎丁啟睿為兵部尚書，督師討賊。五月庚辰，范復粹致仕。釋傅宗龍于獄，命為兵部侍郎，總督陜西三邊軍務，討李自成。戊子，祀地于北郊。六月，兩畿、山東、河南、浙江、湖廣旱蝗，山東寇起。秋七月己卯，李自成攻鄧州，楊文岳、總兵官虎大威擊敗之。壬寅，洪承疇援錦州，駐師松山。是月，臨清運河涸。京師大疫。八月乙巳，援兵戰于松山，陽和總兵官楊國柱敗沒。辛亥，賜薛國觀死。辛酉，重建太學成，釋奠于先師孔子。甲子，總兵官吳三桂、王樸自松山遁，諸軍夜潰。是月，左良玉大敗張獻忠于信陽。九月丁丑，傅宗龍帥師次新蔡，與總督保定侍郎楊文岳軍會。己卯，遇賊，賀人龍師潰，宗龍被圍，文岳走陳州。甲申，周延儒、賀逢圣復入閣。辛卯，封皇子慈炯為定王。壬辰，傅宗龍潰圍出，趨項城，被執死之。賊屠項城及商水、扶溝。戊戌，李自成、羅汝才陷葉縣，守將劉國能死之。
是月，官軍破張獻忠于英山之望云寨。冬十月癸卯朔，日有食之。十一月丙子，李自成陷南陽，唐王聿鏌遇害，總兵官猛如虎等死之。十二月，李自成連陷洧川、許州、長葛、鄢陵。甲子，戍解學龍、黃道周。李自成、羅汝才合攻開封，周王恭枵、巡撫都御史高名衡拒守。
十五年春正月癸未，孫傳庭為兵部侍郎，督京軍救開封。乙酉，楊文岳援開封，賊解去，南陷西華。戊子，免天下十二年以前逋賦。是月，山東賊陷張秋、東平，劫漕艘。太監王裕民、劉元斌帥禁兵會兗東官軍討平之。二月戊申，振山東就撫亂民。癸丑，總督陜西都御史汪喬年次襄城，遇賊，賀人龍等奔入關，喬年被圍。丁巳，城陷，被執死之。戊午，大清兵克松山，洪承疇降，巡撫都御史丘民仰，總兵官曹變蛟、王廷臣，副總兵江翥、饒勛等死之。是月，孫傳庭總督三邊軍務。三月，李自成陷陳州。丁丑，魏照乘致仕。己卯，祖大壽以錦州降于大清。辛卯，李自成陷睢州、太康、寧陵、考城。壬辰，封皇子慈召為永王。