丙申，李自成陷歸德。是春，江北賊陷含山、和州，南京戒嚴。夏四月癸亥，李自成復圍開封。乙丑，削謝升籍。五月己巳，孫傳庭入關，誅賀人龍。甲戌，張獻忠陷廬州。丁亥，王樸棄市。六月戊申，賀逢圣致仕。癸丑，張四知致仕。甲寅，詔天下停刑三年。己未，詹事蔣德璟、黃景昉，戎政侍郎吳甡，俱禮部尚書兼東閣大學士，預機務。庚申，詔孫傳庭出關。兵部侍郎侯恂督左良玉軍援開封。
壬戌，以會推閣臣下吏部尚書李日宣六人于獄，謫戍有差。甲子，祀地于北郊。
是月，筑壇親祭死事文武大臣。山西總兵官許定國援開封，潰于沁水，寧武兵潰于覃懷。秋七月己巳，左良玉、虎大威、楊德政、方國安四鎮兵潰于朱仙鎮。八月庚戌，安慶兵變，殺都指揮徐良憲，官軍討定之。乙丑，釋黃道周于戍所，復其官。丁卯，兵部尚書陳新甲下獄，尋棄市。九月壬午，賊決河灌開封。癸未，城圮，士民溺死者數十萬人。己丑，孫傳庭帥師赴河南。辛卯，鳳陽總兵官黃得功、劉良佐大敗張獻忠于潛山。冬十月辛酉，孫傳庭敗績于郟縣，走入關。十一月丁卯，援汴總兵官劉超據永城反。庚午，發帑振開封被難宗室兵民。壬申，大清兵分道入塞，京師戒嚴。命勛臣分守九門，太監王承恩督察城守。詔舉堪督師大將者。戊寅，征諸鎮入援。庚辰，大清兵克薊州。丁亥，薊鎮總督趙光抃提調援兵。戊子，張獻忠陷無為。己丑，遼東督師侍郎范志完入援。閏月癸卯，下詔罪己，求直言。壬寅，大清兵南下，畿南郡邑多不守。丁巳，起廢將。是月，李自成陷汝寧，前總督侍郎楊文岳、僉事王世琮不屈死。十二月，大清兵趨曹、濮，山東州縣相繼下，魯王以派自殺。己巳，李自成陷襄陽，據之。左良玉奔承天，尋走武昌。賊分兵下德安、彝陵、荊門，遂陷荊州。癸巳，焚獻陵。
十六年春正月丁酉，李自成陷承天，巡撫都御史宋一鶴、留守沈壽崇等死之。
庚申，張獻忠陷蘄州。二月乙丑朔，日有食之。己巳，范志完、趙光抃會師于平原。三月庚子，李自成殺羅汝才，并其眾。壬寅，命大學士吳甡督師討賊。丁未，賊陷武岡，殺岷王企昪。張獻忠陷黃州。夏四月丁卯，周延儒自請督師，許之。
辛卯，大清兵北歸，戰于螺山，總兵官張登科、和應薦敗沒，八鎮兵皆潰。是月，劉超平。五月癸巳朔，張獻忠陷漢陽。壬寅，周延儒還京師。丙午，修撰魏藻德為少詹事兼東閣大學士，預機務。戊申，吳甡罷。丁巳，周延儒罷。壬戌，張獻忠陷武昌，沈楚王華奎于江，在籍大學士賀逢圣等死之。六月癸亥，詔免直省殘破州縣三餉及一切常賦二年。己卯，逮范志完下獄。丙戌，雷震奉先殿獸吻，敕修省。秋七月丁酉，親鞫范志完于中左門。乙卯，親鞫前文選郎中吳昌時于中左門，征周延儒聽勘。己未，戒廷臣私謁閣臣。京師自二月至于是月大疫，詔釋輕犯，發帑療治，瘞五城暴骸。八月壬戌朔，左良玉復武昌、漢陽。丙寅，張獻忠陷岳州。丙戌，陷長沙。庚寅，陷衡州。九月丙申，張獻忠陷寶慶。己亥，黃景昉致仕。辛丑，孫傳庭復寶豐，進次郟縣，李自成迎戰，擊敗之。庚戌，張獻忠陷永州，巡按御史劉熙祚死之。辛亥，賜楊廷鑒等進士及第、出身有差。壬子，孫傳庭兵以乏食引退，賊追及之，還戰大敗，傳庭以余眾退保潼關。是月，鳳陽地屢震。冬十月辛酉朔，享太廟。丙寅，李自成陷潼關，督師尚書孫傳庭死之。