正統初，運糧之數四百五十萬石，而兌運者二百八十萬馀石，淮、徐、臨、德四倉支運者十之三四耳。土木之變，復盡留山東、直隸軍操備。蘇、松諸府運糧仍屬民。景泰六年，瓦剌入貢，乃復軍運。天順末，兌運法行久，倉入覬耗馀，入庾率兌斛面，且求多索，軍困甚。憲宗即位，漕運參將袁佑上言便宜。帝曰：
“律令明言，收糧令納戶平準，石加耗不過五升。今運軍愿明加，則倉吏侵害過多可知。今后令軍自概，每石加耗五升，毋溢，勒索者治罪。”后從督倉中官言，加耗至八升。久之，復溢收如故，屢禁不能止也。
初，運糧京師，未有定額。成化八年始定四百萬石，自后以為常。北糧七十五萬五千六百石，南糧三百二十四萬四千四百石，其內兌運者三百三十萬石，由支運改兌者七十萬石。兌運之中，湖廣、山東、河南折色十七萬七千七百石。通計兌運、改兌加以耗米入京、通兩倉者，凡五百十八萬九千七百石。而南直隸正糧獨百八十萬，薊州一府七十萬，加耗在外。浙賦視蘇減數萬。江西、湖廣又殺焉。天津、蘇州、密云、昌平，共給米六十四萬馀石，悉支兌運米。而臨、德二倉，貯預備米十九萬馀石，取山東、河南改兌米充之。遇災傷，則撥二倉米以補運，務足四百萬之額，不令缺也。
至成化七年，乃有改兌之議。時應天巡撫滕昭令運軍赴江南水次交兌，加耗外，復石增米一斗為渡江費。后數年，帝乃命淮、徐、臨、德四倉支運七十萬石之米，悉改水次交兌。由是悉變為改兌，而官軍長運遂為定制。然是時，司倉者多苛取，甚至有額外罰，運軍展轉稱貸不支。弘治元年，都御史馬文升疏論運軍之苦，言：“各直省運船，皆工部給價，令有司監造。近者，漕運總兵以價不時給，請領價自造。而部臣慮軍士不加愛護，議令本部出料四分，軍衛任三分，舊船抵三分。軍衛無從措辦，皆軍士賣資產、鬻男女以供之，以造船之苦也。正軍逃亡數多，而額數不減，俱以馀丁充之，一戶有三、四人應役者。春兌秋歸，艱辛萬狀。船至張家灣，又雇車盤撥，多稱貸以濟用，此往來之苦也。其所稱貸，運官因以侵漁，責償倍息。而軍士或自載土產以易薪米，又格於禁例，多被掠奪。
今宜加造船費每艘銀二十兩，而禁約運官及有司科害搜檢之弊，庶軍困少蘇。”
詔從其議。五年，戶部尚書葉淇言：“蘇、松諸府，連歲荒歉，民買漕米，每石銀二兩。而北直隸、山東、河南歲供宣、大二邊糧料，每石亦銀一兩。去歲，蘇州兌運已折五十萬石，每石銀一兩。今請推行於諸府，而稍差其直。災重者，石七錢，稍輕者，石仍一兩。俱解部轉發各邊，抵北直隸三處歲供之數，而收三處本色以輸京倉，則費省而事易集。”從之。自后歲災，輒權宜折銀，以水次倉支運之糧充其數，而折價以六七錢為率，無復至一兩者。
先是，成化間行長運之法。江南州縣運糧至南京，令官軍就水次兌支，計省加耗輸輓之費，得馀米十萬石有奇，貯預備倉以資緩急之用。至是，巡撫都御史以兌支有弊，請令如舊上倉而后放支。戶部言：“兌支法善，不可易。”詔從部議，以所馀就貯各衛倉，作正支銷。又從戶部言，山東改兌糧九萬石，仍聽民自運臨、德二倉，令官軍支運。正德二年，漕運官請疏通水次倉儲，言：“往時民運至淮、徐、臨、德四倉，以待衛軍支運，后改附近州縣水次交兌。已而并支運七十萬石亦令改兌。但七十萬石之外，猶有交兌不盡者，民仍運赴四倉，久無支銷，以致陳腐。請將浙江、江西、湖廣正兌糧米三十五萬石，折銀解京，而令三省衛軍赴臨、德等倉，支運如所折之數。則諸倉米不腐，三省漕卒便於支運。
歲漕額外，又得三十五萬折銀，一舉而數善具矣。”帝命部臣議，如其請。六年，戶部侍郎邵寶以漕運遲滯，請復支運法。戶部議，支運法廢久，不可卒復，事遂寢。