初，船用楠杉，下者乃用松。三年小修，六年大修，十年更造。每船受正耗米四百七十二石。其后船數缺少，一船受米七八百石。附載夾帶日多，所在稽留違限。一遇河決，即有漂流，官軍因之為奸。水次折乾，沿途侵盜，妄稱水火，至有鑿船自沉者。
明初，命武臣督海運，嘗建漕運使，尋罷。成祖以后用御史，又用侍郎、都御史催督，郎中、員外分理，主事督兌，其制不一。景泰二年始設漕運總督于淮安，與總兵、參將同理漕事。漕司領十二總，十二萬軍，與京操十二營軍相準。
初，宣宗令運糧總兵官、巡撫、侍郎歲八月赴京，會議明年漕運事宜，及設漕運總督，則并令總督赴京。至萬歷十八年后始免。凡歲正月，總漕巡揚州，經理瓜、淮過閘。總兵駐徐、邳，督過洪入閘，同理漕參政管押赴京。攢運則有御史、郎中，押運則有參政，監兌、理刑、管洪、管廠、管閘、管泉、監倉則有主事，清江、衛河有提舉。兌畢過淮過洪，巡撫、漕司、河道各以職掌奏報。有司米不備，軍衛船不備，過淮誤期者，責在巡撫。米具船備，不即驗放，非河梗而壓幫停泊，過洪誤期因而漂凍者，責在漕司。船糧依限，河渠淤淺，疏浚無法，閘坐啟閉失時，不得過洪抵灣者，責在河道。
明初，於漕政每加優恤，仁、宣禁役漕舟，宥遲運者。英宗時始扣口糧均攤，而運軍不守法度為民害。自后漕政日馳，軍以耗米易私物，道售稽程。比至，反買倉米補納，多不足數。而糧長率攙沙水於米中，河南、山東尤甚，往往蒸濕浥爛不可食。權要貸運軍銀以罔取利，至請撥關稅給船料以取償。漕運把總率由賄得。倉場額外科取，歲至十四萬。世宗初政，諸弊多厘革，然漂流、違限二弊，日以滋甚。中葉以后，益不可究詰矣。
漕糧之外，蘇、松、常、嘉、湖五府，輸運內府白熟粳糯米十七萬四十馀石，內折色八千馀石，各府部糙粳米四萬四千馀石，內折色八千八百馀石，令民運。
謂之白糧船。自長運法行，糧皆軍運，而白糧民運如故。穆宗時，陸樹德言：“軍運以充軍儲，民運以充官祿。人知軍運之苦，不知民運尤苦也。船戶之求索，運軍之欺陵，洪閘之守候，入京入倉，厥弊百出。嘉靖初，民運尚有保全之家，十年后無不破矣。以白糧令軍帶運甚便。”疏入，下部議。不從。
凡諸倉應輸者有定數，其或改撥他鎮者，水次應兌漕糧，即令坐派鎮軍領兌者給價，州縣官督車戶運至遠倉，或給軍價就令關支者，通謂之挖運。九邊之地，輸糧大率以車，宣德時，餉開平亦然，而蘭、甘、松潘，往往使民背負。
永樂中，又嘗令廣東海運二十萬石給交址云。