而中央集權后，因為中央各機構的大臣們權力急劇增加，林子然又是通過分化各機構，設立更多的獨立機構進行權力劃分。
僅僅是政務院，就有十八個獨立機構，陸軍統帥部也有八個獨立機構，海軍統帥部也有八個獨立機構。
而這三大機構里，可是沒有總負責人的，政務院只是個虛頭，可沒有院長或者副院長一說，兩軍統帥部也沒有設置統帥，副統帥之類的職務。
同時近衛軍也是獨立直接歸屬皇帝管轄，而副官室改組而來的秘書室、衛隊室改組而來的武官侍從室以及新增設的宮務室也都是屬于獨立機構。
此外還有都察院、庭理院也是屬于獨立機構。
而這樣一來，僅僅是屬于皇帝直轄的機構，就有將近五十個！
此外，林子然又明確規定，地方郡以上主官，擁有直接向皇帝上報的權限，而且如果有必要的話，郡守、州令可以把報告直接通過秘書室轉交，不經過各部。
這樣一來，皇帝直接管理的機構以及官員那就更多了！
而林子然可能直接管理這么多機構和人員嗎？
不可能的！
但是他能夠直接設立一個常設機構，統管這些機構嗎？
也不能，這樣的話，這個機構毫無疑問會成為一種隱患，在未來把皇帝給架空，這不符合皇權集中制的原則。
最后，林子然采取的措施是設立一個半虛半實的參務院，調各大臣入內值班，給自己提供建議，但是這些人又是沒有任何的名分以及實際權限，同時參務院御前值班的話，又不是什么職務，可以隨時增減，召之即來揮之即去。
毫無疑問，即便是這樣，也會有問題。
但這已經是林子然目前所能夠做到的一個比較平衡的措施了。
任何形式的制度，都會有漏洞、缺陷，林子然能做的也只是盡可能的利用它，并準備隨時改進。
參務院的設立，某種程度上也是體現了新王朝政治制度的一個最重要的特點：中央皇權集中化！
第一天的漫長會議，敲定了新王朝的基本政治構架后，第二天的會議里，就是調整各部門機構的具體分工了。
這個對于各機構而言影響比較大，但是對于林子然本身而言，那么只是一種平衡手段了。
比如說把收稅的權力，從財務部里剝離出來，歸屬新機構稅務總局全面負責。
同時把國有資產管理司，也是從工商部剝離出來，進而設立國有資產管理委員會，全面管理官方資本下設的一切資產。
同時元帥府時期的鐵路統籌委員會、航運管理委員會則是和交通部進行合并，設立全新的交通部，全面管理鐵路、航運等交通事務。
又比如把文化娛樂，宣傳，教育等事務結合起來，繼而成立文教部，全面掌管文化娛樂、宣傳、教育等事務。
各種各樣調整非常多，但是更多的是屬于細節上的變化。
連續三天的會議后，新王朝的各項機構體系才算是全面初步確定下來。
最后林子然他們只剩下最后一個重要的問題，那就是定都何處？