后人在這一動蕩的年間于約旦溪谷的洞窟中發現了死海古卷的存在。并得知了歷史的真相，知曉了亞當與莉莉絲的故事，得知了使徒的存在，同時也知道了在不久的將來，人類將與十七使徒間將展開一場以回歸本體，黑之月為由的戰爭。
贏者，靈魂將得到救贖，重新回歸莉莉絲之卵，躲過世間的大災難，直至生命之樹重新生根發芽。敗者，將成為大地母親的養料。永遠地成為歷史。
因此在這個約定時刻到來之前，使徒一定會蘇醒來與人類為敵，人類要順利完成回歸就必須在此之前消滅全部使徒。
為此目的，人類中的秘密組織Seele成立了，它的德文意思是靈魂，以基路議長為首，制訂了人類補完計劃的劇本。
公元2000年，人類在南極發現了亞當與莉莉絲沉睡的地方，白之月，并對其生命體征展開了研究。希望通過分離亞當與莉莉絲，從而獲得生命之實的基因，以助于人類的補完。
可惜，人類并不知道亞當與莉莉絲的分離會產生巨大的能量暴走，于是，在亞當與莉莉絲分離的瞬間，巨大的爆炸將整個南極都炸的支離破碎，地球也因此失去了自轉公軸。季候產生了變異。而這一次的爆炸被稱為，第二次沖擊。
沖擊的產生印證了死海古卷上記載的事實。人類也因此將開始對之后的十七使徒入侵積極的備戰起來。所幸的是，在第二次沖擊之后，雖然亞當在爆炸中支離破碎，可人們卻幸運的捕獲了莉莉絲。
于是，人類與莉莉絲之間簽訂了契約，人類抽出莉莉絲的靈魂，封印了她的**。而被抽出的莉莉絲的靈魂將分為兩部分，一小部分將注入到人類克隆出的驅殼之中，作為李林的一份子而活下去。而其余的大部分，將注入人類利用莉莉絲基因制造的人造終極泛用人型決戰兵器，EVANGELION中，以用來與使徒的對戰。為了生存下去。莉莉絲不得已簽訂了這不平等的條約。
2015年，第三使徒蘇醒，并根據契約向著黑之月的方位移動而去。
而在黑之月之上，人類早已部署了名為第三新東京市的巨大戰斗要塞，等待著使徒的來臨。同時，最終兵器EVA初號機也完成了作戰部署，同年，EVA初號機的駕駛員碇真嗣，來到了這個巨大機器人的面前，開始了他的戰斗生涯，并以驚艷的姿態，打破了死海古卷的預言，摧毀了基爾為補完計劃建立的劇本，為世人開辟了生命的第三條道路。
為世人打造了一個永遠無法補完的希望之地，直至今時今日。
這便是歷史的真相。
距離使徒入侵，一晃已經二十年過去了，曾經被使徒摧毀殆盡第三新東京市如今也恢復了曾經的活力，因為地域沒有再一次轉變，所以并沒有變更名字的必要。
可惜的是地球的軸變并沒有恢復，以至于第三新東京市依舊是永世的夏天。