二十年前，名為使徒的準完全生物因死海古卷的記載而入侵了第三新東京市，與人類展開了一場聲勢浩大的戰爭，而人類則是根據使徒的基因，制造了能夠與之敵對的終極人型決戰兵器，EVA。并在駕駛員碇真嗣，綾波麗，惣流明日香，真希波瑪麗，渚薰的活躍下，贏得了最終的勝利。
其中的曲折故事，成為了人類歷史中最高的機密。而唯一知道事實真相的，便是在二十年前奮戰在第一線的NERV的各位戰斗員，以及駕駛員們了。
哦，當然，現在知情的也包括了這位坐在課堂中臉頰氣鼓鼓的元氣少女，碇憶冰。這位由初號機駕駛員碇真嗣與二號機駕駛員明日香所生的小千金。
知曉歷史的真相，小憶冰對老師的講解自然會感到不滿，年僅十五歲的她已經是當年碇真嗣他們成為駕駛員的年齡。只不過，小憶冰不再會有機會駕駛EVA。畢竟現在NERV已經不再是那個與使徒對抗的組織，而是已重建地球為己任的世界組織。而使徒，也早已滅絕，當然，除了現在僅存的三位。
說道這三位使徒，就不得不在提起之二十年前的事情，那時，EVA初號機的駕駛員碇真嗣，本應該是一個普普通通的15歲少年，然而，一道來自異次元的神跡降臨在了這個少年身上，那道神跡便是另一個世界的靈魂，一個成年的且對這個世界充滿向往的成熟靈魂取代了這個原本的懦弱少年，也正因為如此，這個世界的預言之書死海古卷才產生了巨大預言失誤。
憑借著來自異世的靈魂與一條充滿神秘的項鏈，這個少年打破了死海古卷的劇本，寫下了一個令自己滿意的結局。
而也就是在當時與使徒的搏斗中，這位少年陰差陽錯的取得了使徒的力量，最終成為了使徒的一份子。
不過好在他的心還是向往著人類與自由的生活，于是打倒了那些為惡的敵人，最終站在了人類的頂端，距離成神，也不過一步之遙，不過為了人類的生存，與自己渴望的生活，這位救世少年選擇了和自己的兩位妻子隱居山林，從此過著無憂無慮的生活。
而另一位使徒則是碇真嗣的妻子，也是EVA零號機的駕駛員，綾波麗。她是早期NERV與第二使徒莉莉絲簽訂契約而出現的產物，一個人形的不完整使徒。
出生就是十四歲的她對這個世界的認知完完全全就是一張白紙，在NERV中，她也僅僅是一個令人無限差遣的玩偶而已，直到碇真嗣的出現，在日日夜夜的接觸與了解后，這位少女開始產生了名為情感的東西，最終，她在碇真嗣的幫助下，徹底掌控了使徒的力量，并與真嗣一起并肩作戰，打倒了最后的敵人。
至于第三位就很簡單了，那便是真嗣與麗的孩子，今年六歲，正在讀小學一年級的碇念薰。
兩個使徒的結合，生下的必然也是使徒了，不過這個孩子與其它孩子并沒有什么不同，在他出生不久，他就被自己的父親封印了一部分的使徒之力，這也是為了能夠讓這個孩子健康成長，真嗣在與妻子商量后，才做出的決定。于是乎，以上世界僅有的三位使徒，就像普通人類一樣，一直過著簡單卻充滿幸福的日子。