查克拉，最官方的解釋，是由精神力與生命力結合，產生的一種特殊能量。
這種能量擁有超越常人想象的非凡特性，人類認知中的一切都可以用這種名為‘查克拉’的特殊能量進行模擬。
無論是火焰、颶風、雷電、土地、水流，甚至引力、熔巖、硫酸，只要摸索出正確的方法，自然界存在的一切都可以模擬變幻。
除此之外，還能創造出幻影，甚至實體。
在日向信玄的理解中，這是一種近乎神明的力量，可以創造一切。
只是因為火影世界教育、經濟大環境的關系，這種力量的使用方法極其粗獷，而且使用范圍極窄，幾乎全都被用于戰斗。
當然，日向信玄沒什么要改變世界的想法，他現在只想用這種力量來保護自己。
就他的觀察來看，查克拉并非像他想象中的‘真氣’那樣，被儲存在丹田里，而是更像火柴遇到了紅磷砂紙（火柴盒側面的物質），若是放在兩端，則涇渭分明，但是一旦湊到一起，輕輕摩擦，立刻便會燃起熊熊火焰。
在平常的狀態下，精神力與生命力便是涇渭分明的，一旦進入戰斗狀態，忍者們就會熟練的提煉查克拉，然后將其用于戰斗。
倒不是忍者們不想時刻保持提煉查克拉的狀態，日向信玄經過親身試驗，很清楚提煉查克拉時的感受。
這種感覺就好像慢跑，如果只是一時半會，那對體力消耗不大，可越往后，對體力的消耗就越嚴重，時刻提煉查克拉就像跑馬拉松，越往后越累。
這也是為什么變身術這類保持性忍術不能持久的原因，保持變身術狀態，就需要保持提煉查克拉，并維持忍術回路，而且不能斷，斷了就退出了變身術的狀態，然后就會變回原樣。
查克拉，是一種用于‘創造’的力量。
因為不敢在自己身上試驗查克拉對身體的影響，所以大部分試驗，都是日向信玄在夢里的精神空間中進行的，保險也安全，而且可以重復進行，還能縮短時間。
不過即便如此，日向信玄也花了很長時間，才從無數次試驗中摸索出精神力與生命力對查克拉的影響。
提煉查克拉的過程中，忍者的生命力與精神力是在不斷被消耗的。
一般人的精神力相對生命力而言較弱，所以當提煉查克拉時間過長的時候，往往會昏睡過去，這是精神力被透支的人體反應。
但是日向信玄的精神力，相對他三歲半的身體而言十分強大，所以可以在精神空間中保持不斷提煉查克拉，直到生命力透支。
在精神空間中，他連續透支試驗了上百次，每當生命力透支過度時，身體都會出現器官衰竭的反應，這種時候，雖然經絡中運行著的查克拉量依舊足夠龐大，但他的身體卻是十分虛弱的。
在極端狀態下，甚至連行走都非常困難。
也就是說，身體能力的提升，與單純的查克拉提煉過程關系不大。
但是，當他在提煉過程中，輔以動作的時候，查克拉卻會有一小部分不受到自身意志的控制，散溢到某些部位中。
例如在提煉查克拉的過程中奔跑，一部分查克拉就會涌入小腿、腳底，讓他的奔跑速度更快一點。
倒立的時候，會涌入肩膀、小臂、關節，保證自己運動過程中也足夠靈活。
這些散溢出來的查克拉量，相對他透支生命力提煉出來的巨大查克拉量而言數量極小，可卻充分保證了忍者的超凡行動力。
不過這卻不是他想要的。
在這之后，日向信玄又試驗了打樁、長跑、高強度訓練等行為，觀察提煉查克拉狀態下的各種行為，是否會導致身體有所變化。
除此之外，他還試驗了負重、高重力、高水壓狀態下進行訓練，不過在后兩種狀態中，雖然用精神空間模擬了地底深處與海底的環境，但是沒訓練一會兒就差點窒息死在深海和地底，結果不太好說。
負重狀態下，訓練了一段時間之后，肌肉就開始變得有些畸形，明顯是身體還沒長成，過度訓練導致的，于是也沒繼續進行下去。