但是，無論是高強度訓練，還是抗打擊訓練，都讓日向信玄發現了一點，那就是查克拉的創造修復性。
在打樁訓練中，手掌與木樁撞擊，相互的力會導致手掌皸裂，出血。這也是為什么那么多體術型忍者手上綁著繃帶的原因——上面滿布著傷痕，很難看。
但是，當人一邊提煉查克拉，一邊進行打擊訓練的時候，查克拉就會隨著受傷部位的變化而散溢。
當日向信玄主練腿掌的時候，貫通全身經絡的查克拉便會在經過腿部經絡的時候，散溢出一小部分修復小腿，經過手部經絡的時候，散溢一部分修復手掌。
然而，當他主動將查克拉運轉到受傷的手掌與小腿時，查克拉卻凝而不散，沒有絲毫散溢的意思。
這一點讓他感到十分困惑。
不過，在后續的大量實驗中，他發現查克拉的這一性質并非他的錯覺，而是事實——某一部分查克拉，確實是對受損**具有修復功能的，但并非隨便聚集一部分查克拉就能修復身體。
日向信玄猜測，這一點可能與千手綱手研究的醫療忍術有所關聯。
只是因為相關醫學知識不足，日向信玄暫時記下了這點，繼續進行其他方面的研究。
在那之后，透支生命力提煉查克拉的實驗出現了一點意外成果。
當他在精神空間中，反復透支生命力提煉查克拉，而后又通過進食、藥補、藥浴等方式補充自身之后，臟器開始出現衰竭癥狀，后來沒多久這一輪的意識體就開始吐血衰弱最后虛弱而死。
這輪實驗證明，過度且不合理的透支生命力，是無法通過簡單方式補充回來的。
玩命，就得死。
有趣的是，他死時的狀況，看上去和鼬病重時的狀態差不多。
根據日向信玄的大膽猜測，宇智波鼬可能就是因為不科學不合理的透支生命提煉查克拉，導致生命能量長時間虛弱，身體狀態虛弱，免疫力低下是必然的。
最終會像患了艾滋一樣虛弱染病而死，也就可以理解了。
于是日向信玄變得愈發謹慎起來。
在現實世界中時，每天除了訓練，還會專門抽出一部分時間自學醫理基礎，尤其是有關調理自身方面，看得尤為細致。
日向家族方面，對他這個新一代的‘日向第一天才’也是尤為看重，在他表現出超凡的體術才能和學習能力之后，家族不吝花費，從前線請來了一位經驗豐富的日向醫療忍者為他進行一對一式教導，這也為他學習醫療忍術打下基礎，鋪平了以后的道路。
而且因為精神空間里可操控時間和身體的緣故，有能力進行大量自我實驗的日向信玄在學習醫理方面進步極為迅速。
當然，體驗各種死法的滋味也不會好受就是了。
在理論支持的基礎上，信玄開始從微觀方面研究提煉查克拉時的身體細微影響，為此甚至還在只有一百多平米的精神空間內，具現了一個完整的醫學實驗室，各種設備十分齊全。
自那之后，日向信玄對查克拉與身體素質變化的研究才算是真正開了個頭，他的研究也愈發深入。
不過與此同時，他的修煉也沒有停下，而是保持著非常固定的兩點一線。
晚上：憑借精神空間的可操控時間與無限讀檔，研究自身的查克拉和身體素質提升方法
白天：將夜晚的正確研究付諸實踐，并為接下來的研究繼續提供意見，并向家族醫療忍者請教、學習有關知識
在這種反饋性極強的研究和訓練過程中，日向信玄以常人難以想象的速度充實自我，日復一日的解決一個又一個自己修行路上的難題，擴充技能庫。
第二次忍界戰爭，也在這樣的修行時光里逐漸走向尾聲。