王化貞感到慚愧，建議駐守寧遠和前屯。
熊廷弼說：“已經晚了。現在只有保護老百姓入關去！”于是把自己所領的五千人交由王化貞來殿后，把全部積蓄都放火燒了。
正月二十六日熊廷弼和韓初命一起護送難民入得關來，王化貞、高出、胡嘉棟也先后入關，只有高邦佐自殺而死。
孫得功率領廣寧城的叛將把后金軍迎入廣寧時，王化貞逃跑已有兩天時間。
后金軍追趕他們追了二百里，因路上沒得糧食吃才回去。戰敗的消息傳到朝廷，京城為之震驚。
薩爾滸之戰和王化貞，都可以說是指揮不力造成的失敗。
到了眼下，孫承宗主持大局，則不存在這個問題。
因為孫承宗不但頭腦清楚，是明末當之無愧的帥才，且地位崇高。萬歷四十八年（1620年），明熹宗朱由校即位，孫承宗以左庶子充當日講官。
孫承宗是天啟皇帝朱由校的老師，這種人為統帥，至少不怕讒言，而又有軍事才能，則更為不易。
似乎是天要庇佑大明了。
天啟元年（1621年），孫承宗官升少詹事。同年，后金進攻遼東，沈陽、遼陽先后被攻陷，遼東經略袁應泰自殺。御史方震孺奏請熹宗朱由校以孫承宗代替崔景榮為兵部尚書，朝中大臣也認為孫承宗知曉兵事，推舉孫承宗為兵部添設侍郎，主持遼東防務。
熊廷弼被罷免后，朝廷以王在晉為遼東經略。王在晉上任后打算襲取廣寧，但總督王象乾認為就算能攻取廣寧，但也不容易守住，還不如重守山海關防衛京都。
于是王在晉在山海關外八里鋪修筑重關，留四萬人馬去守。
袁崇煥認為王在晉此舉不是好的策略，與王在晉爭辯無果后，上書給首輔葉向高。
葉向高卻認為不能憑主觀猜測，于是孫承宗請求親自前往遼東決斷。
朱由校非常高興，加封孫承宗為太子太保，并賞賜蟒袍、玉帶、銀幣等。
孫承宗到達山海關后，巡行邊塞，袁崇煥向孫承宗請示道：“在寧遠駐扎五千兵力，以壯十三山的聲勢，然后派遣將領帶兵去救援十三山。寧遠距離十三山只有兩百里，可以輕易占據錦州，如果不行再退守寧遠，怎么能放棄十萬難民？”
孫承宗于是與總督王象乾商議，王象乾認為駐扎關上的軍隊剛剛打了敗仗，士氣沮喪，不如調動插部護關的軍隊三千人前往寧遠，孫承宗同意后一方面調兵前往寧遠，一方面去救難民，救援失敗，十萬難民只救回六千人。
孫承宗對此詢問王在晉：“新城修筑好以后，是不是要將舊城的兵馬移四萬人來駐守？”
王在晉說：“應該另外設立一支四萬人的軍隊。這樣一來，八里鋪就有八萬兵了，可是一片石西北不派兵駐守嗎？在八里鋪內修筑重關，新城后面就是舊城，舊城前面埋的地雷是用來對付敵人的，還是用來對付自己新兵的？新城可以守的話，還用得著舊城嗎？新城要是不能守，四萬守兵倒戈，你是打算開關放敵人進來，還是閉關投降敵人？”