萬歷四十五年(1617年)，有一股強盜竄入孫祖壽的防區，孫祖壽與敵交鋒，強盜用槊來刺，孫祖壽并不躲閃，展臂讓過槊鋒，緊緊夾住槊桿，抽刀砍其臂膀，嚇得強盜棄槊而逃。孫祖壽打了勝仗，被提升為游擊將軍。
天啟元年(1621年)，孫祖壽任薊遼鎮參將。正值遼陽失守，援兵潰敗，駐山海關的督撫緊閉關門，不讓潰兵退進關內，潰兵氣憤已極，意欲攻關。
督撫令道府官員前去安撫未能奏效。孫祖壽請求單騎出關安撫潰兵，潰兵仰慕孫祖壽的德行，很快安靜下來并服從他們的調遣安置。
督撫為了表彰孫祖壽的功績，調他擔任中協副將。
兵部尚書孫承宗到邊關視察，將薊鎮三協十二路分設三員大將，命令孫祖壽統領西協，駐守在遵化，統轄石匣、古北、曹家、墻子四路。
當時武備松弛，人心渙散，刑罰不嚴，號令難以執行。孫祖壽上任以后，革除陳規陋習，禁止請客送禮，謝絕說人情、走后門。他還懸下賞格，嚴明法度：自副將、參將以下，作戰不勝，革職不用。
孫祖壽的改革措施令人耳目一新，在軍營上上下下引起了震動，發生了震懾力。
孫承宗在皇帝面前稱贊孫祖壽：“一錢不取，廉勇絕倫，真是將帥中的佼佼者啊!”
天啟七年(1627年)，孫祖壽奉命率兵增援寧錦經略使。巡撫高第中途傳箭令其回防。孫祖壽折斷令箭，仍執行原來的命令，雖然解圍有功受到褒獎，卻因違反了高第的命令被免官歸田。崇禎二年(1629年)因清兵迫近京師，朝廷詔命各鎮入援勤王，孫祖壽變賣家產，招募千名勇士，被予招練總兵一職，負責安置流亡百姓，保護天壽山林木，防止樵采事宜。
他曾寫了軍事上的3條建議和保衛京師的6項措施，但均未被朝廷采納。
清軍兵臨北京城下，孫祖壽與大同總兵滿桂率領的勤王之師共同防守涼水河一線，孫祖壽提出了自己的御敵方略，滿桂不能虛心采納良策，孫祖壽只好與滿桂各自守住大陣的一角。
激戰中，滿桂軍不支，孫祖壽殺出重圍去解救滿桂軍，不幸被流矢射入前額，壯烈殉國。
孫祖壽死后，朝廷為之震驚、哀悼，賜其“廉威忠勇”四個字，詔命府、州為其立祠，追贈少保、左都督，后又改贈太師，謚忠節，葬于昌平州龍虎臺。蔭其子孫繁祉為錦衣衛指揮同知。在昌平州城西大街建立一座孫少保牌坊，讓過往行人及后世子孫永遠緬懷這位毀家紓難英勇抗擊清兵的昌平英雄。
袁崇煥什么都還不是的時候，孫祖壽就已經是大將了，不知道比袁崇煥高多少級，就憑這一點，韋寶覺得老金的《碧血劍》為了美化老袁，錯漏百出。
通過觀察，韋寶覺得袁崇煥與孫承宗的關系，也好像不怎么樣。
孫承宗將袁崇煥當心腹，當子侄看待，袁崇煥卻似乎只流于表面，態度敷衍，假的很。
孫承宗對袁崇煥是知遇之恩。
天啟年間，孫承宗作為大學士、兵部尚書出關駐防，抵御女真人侵擾，孫承宗在關期間廣范圍地訓練士兵。
在培植人才方面，孫承宗擁有了豐富的人力資源，當時的孫承宗身邊，文才有茅元儀等，武將有馬世龍、袁崇煥、趙率教、滿貴、祖大壽、毛文龍等，其中孫承宗對袁崇煥尤其重視，急于出頭的袁崇煥遇到愛才如命的孫承宗，給予了很多機會讓袁崇煥鍛煉和展示才能，使得袁崇煥在眾人之中脫穎而出，在孫承宗第一次告老還鄉之時推舉袁崇煥做了邊關總督。從此袁承煥獲得了機會，在遼東大展自己的才能。
孫承宗對國家忠誠，但是卻嫉惡如仇，與袁崇煥的待人處事不同，在對待魏忠賢的問題上表現的尤其突出。
天啟年間的魏忠賢驕橫跋扈，無人敢惹，朝廷內部的官員自不必說，就連各地的文官武將都紛紛吹捧魏忠賢，為其進貢送禮、建廟修祠。
孫承宗非常生氣，幾次想入宮彈劾魏忠賢，都因邊關事務纏身未能成行。袁崇煥卻不然，追捧魏忠賢，還在他自己的防地為魏忠賢建廟塑像，以表自己對魏忠賢的忠心。在這一點上，袁崇煥與孫承宗是背道而馳的。
孫承宗在清代張廷玉的《明史》中獨占一個章節，讀過的人都會被孫承宗的高風亮節和雄才大略所感動，在對待同僚和下屬的問題上，孫承宗一直是培養、使用、信任相結合，使得一大批文官武將迅速成長起來，成為了國家的棟梁之才。
韋寶知道，在原本的歷史中，崇禎即位，百廢待興之時有人推舉了袁崇煥，召袁崇煥進京面君，就是后來民間流傳甚廣的、袁崇煥夸下海口的平臺詔對，袁崇煥自稱五年可以平定遼東，信口開河地展示自己的才華，當然主要是孫承宗的思想。
但是，袁崇煥卻自始至終沒有提及孫承宗只言片語，將培養他多年的老師隱匿起來，最后得到了崇禎的賞識，如愿吹來一個薊遼督師。