于是采取了很多的辦法，從明孝宗朱祐樘開始，明朝主要是通過擴大稅源，即向人少地多的湖廣地區移民的方法來增加稅收，對于要承擔重稅的江南地區，明王朝也一直在進行改革，通過減免稅收流程，增加稅收效率的辦法，來盡可能地解決稅收矛盾。
到了正德皇帝朱厚照在位的時候，第一次開始大規模的征收海關稅，對外國貢使來華貿易，也開始征收百分之二十的關稅，但這些措施治標不治本。
最后明朝嘉靖皇帝在位的時候，明王朝稅收幾乎到了“匱乏”的程度，北方蒙古部落不斷侵擾，軍費激增，南方倭寇不斷進犯，東南的稅賦大半泡湯，在這樣的情況下，明朝只能不斷在中路地區，尤其是江西、湖廣地區增稅，以及在西南地區把持貿易特權，通過與西南民族的“茶馬貿易”來擴大財源，這樣的方式只是拆東墻補西墻。
為此出現拯救了幾乎快“政府破產”的明王朝！
其實早在此之前，一條鞭法就已經產生。
最早出現在宣德年間的江南，只是當時叫“征一法”。
明朝經濟的重新整合，開始于張居正之前的隆慶皇帝朱載垕在位時期，當時主政的大學士高拱已經開始在全國進行一條鞭法的試點，河南、江蘇、安徽，實行一條鞭法，幾年之后張居正推廣全國，已經是水到渠成。一條鞭法的著眼點，是明朝此時可以用來繳納田賦的土地減少，且稅收的名目多，給了地方官員貪污截留的機會。
一條鞭法把所有的農業稅，都統一成一樣，化繁為簡，折合成白銀一次性征收，這樣既能使小民百姓少受盤剝，也能將國家的稅收效率發揮到最大。
在一條鞭法之前，中國老百姓繳納的主要是實物稅，一條鞭法實行后，就變成了貨幣稅，從經濟方面來說，這不僅發展了國家的商品經濟，也提高了貨幣流通效率。
農業稅的整頓并不是張居正改革的全部，張居正改革的另一個著眼點，是商稅改革。張居正主張“農商并舉”，他的方式，是減少稅收環節，減免商稅，增加稅收的效率。一方面，他將海外貿易機構市舶司的權力下放，將貿易的權力完全下放給沿海商人，并且根據每次貿易的數額和利潤征稅，而不是像過去根據出海時間的長短來征稅，這樣就保證了大部分商人的利益。
另外張居正減免走稅的關卡，減少走稅，增加貿易稅，也就是根據商業貿易的利潤征稅，并且嚴禁商人與當地勢豪大戶勾結。
在一條鞭法實行的同時，張居正大刀闊斧，開始了全國的清丈土地，主要是清查那些用各種名義寄存，偷稅漏稅的土地。
清丈的結果，就是明王朝可用來征收賦稅的土地，由過去的400多萬傾，變成了當時的700多萬頃。雖然不及朱元璋時期，但是稅收效率卻遠高于那時，因此這也是明王朝稅收效率和稅收總數最高的一段時期。
張居正改革的最高峰時代，明王朝的年稅收是800萬兩，如果結合當時白銀的購買力，不但遠高于明王朝建國時，也遠高于后期清王朝康乾盛世時，這可以說是中國封建王朝歷史上稅收最高的時候。
明朝末年通過各種方式增加田賦，但最后的結果，每年的賦稅也不過400萬兩，而軍費開支卻增加到了600萬兩，年年財政赤字，以至于最后破產。
張居正的改革，在1582年他去世后遭到了廢止，他的“考成法”被廢除，一條鞭法成為僅有的保留項目，清丈土地也因此停止。
萬歷在位的后期由于大批東南商人背景的官員當職，開始了對商稅的調整，將主要的商稅，分攤到了中小商人身上，大商人們通過與勢豪大戶的合股經營，獲得了免稅的特權。