萬歷后期工商業勃興，萬歷也希望增加商業稅，但他采取的是簡單粗暴的辦法，即派太監做“稅使”收稅。
這樣的做法自然收上了錢，卻讓大批中小商人破產，更開罪于商，因此舉國反對。
除了太監以及萬歷本人撈了錢外，幾乎是得罪一大片，對商品經濟的打擊也是慘重的。
明末時期財政之所以困難，主要是因為兩個原因。土地兼并以及連續的天災，導致國家無法收上農業稅。明末極端天氣四起，陜西、山西、河南、河北，瘟疫災害不斷，百姓流離失所，他們的稅收，也被轉嫁到了其他無災的地區。
對于靠天吃飯和靠地活命的農民們這無異于是災難的爆發，在內憂外患下要增加賦稅，自然激得民亂四起，惡性循環。天災，收稅范圍少；稅重，王朝的根基，自然就搖搖欲墜了。
和土地兼并同樣重要的問題是明王朝失去了對國家最富庶的東南地區的經濟控制。
明末東南，是商品經濟最發達的地區，也是偷稅漏稅最嚴重的地區。
東南海商云集，但此時的海商們，大多選擇了與當地有免稅特權的家族合伙，以達到免稅的目的，這樣的結果就是民富國窮，農民和中小商人成為了稅收的承擔者。
百姓無力繳納稅務破產后，土地被大地主兼并，國家收不上稅；中小商人破產后，產業被大商人兼并，國家的稅，是越收稅源越少，竭澤了卻連魚都打不到。
根本上在于國家政治體系和經濟方向的脫節。在國民經濟向近代化轉變的時候，國家的稅收體系，卻依然保持在農業社會。
明朝張居正改革，其主要目的就是讓國家跟上這個轉型，但可惜張居正改革只維持了10年，整個轉型因此戛然而止，裹足不前，最后造成了亡國的惡果。
明朝的工商階級帶給明帝國的巨大傷害。那些工商階級在朝廷當中都有著強大的政治代言人為他們鼓舌，小商人三十稅一，而大商人又因為家里有人有功名，所以直接免稅。
龐大的士紳集團和宗室集團在全國范圍內圈地，導致流民叢生，失去了土地的流民迫于生計，就只有淪為盜賊。
工商階級他們不僅自己逃避稅賦，還想盡辦法阻止朝廷開源。
山西財團把持了和蒙古以及女真的貿易通道，揚州的鹽商也基本上以山西人為主；江南財團為了壟斷海上貿易，不僅阻止朝廷開放海關，還直接伙同水師飄沒朝廷重金打造的艦船。
而在明末，軍隊對外作戰的軍費和歷次加餉，都是直接施壓在農民身上的大山，時間短了還好說，時間一長，莫說小農，中農富農都要破產。再加上明末嚴苛的氣候環境導致的饑荒，因為饑荒而蜂起的義軍，讓龐大的明帝國直接喪失了它的統治根基。
明末的時候，鈔關的收入是繼田賦、鹽稅之后的第三大財政收入。明代的鈔關，是明政府在運河（京杭大運河）、長江這兩條當時國內最為主要的水路要沖和商貨通道沿岸所設置的關卡，其主要任務是對過往關卡的商船、商稅進行征稅，課稅的對象主要集中在長途販運貿易的行商身上。