韋總裁當晚并沒有很早睡覺，而是按捺不住好奇心，召見了光海君李琿。
李琿是朝鮮宣祖李昖的次子，生母是恭嬪金氏。
恭嬪金氏在生下李琿兩年后即去世，李琿與年長自己兩歲的胞兄李珒由嫡母懿仁王后樸氏撫養長大。后來兩兄弟分別被封為光海君和臨海君。
當時，宣祖正宮懿仁王后一直不曾生育子女，在諸庶子中，長子臨海君、第五子定遠君以及第六子順和君都是劣跡斑斑，其中尤以臨海君聲名最為狼藉，他不學無術，卻放縱家奴殺人越貨、欺男霸女；而光海君李琿則與他們迥然不同，他品行端正、聰明好學，作風儉樸，頗得人心。
盡管如此，宣祖最寵愛的是仁嬪金氏所生之子信城君李珝。
在這種情況下，世子之位一直空懸，許多大臣請求立儲，宣祖都予以拒絕，甚至在萬歷十九年將請求早建國本的右議政鄭澈逮捕下獄，并揚言：“今吾猶在，汝請建儲，欲何為乎？”由此引發了朝鮮政壇的一次地震。
宣祖之所以遲遲不立儲，除了考慮到嫡子誕生的情況，還想為愛子信城君預留位置，而以賢能聞名的光海君則并無太大希望被立為世子。
萬歷二十年（1592）爆發的壬辰倭亂改變了光海君的命運。
日本侵略軍于四月十二日登陸朝鮮半島，一路勢如破竹，直逼首都漢城。
朝野輿論強烈要求宣祖選定接班人以備不測，懿仁王后也勸宣祖早日立光海君，宣祖在此千鈞一發的時刻也無暇多顧，于四月二十八日宣布立光海君李琿為王世子，四月二十九日匆忙舉行百官朝賀儀式，四月三十日凌晨便與光海君及百官一起北逃。
宣祖一行人在逃難途中撰寫了立儲教書，直到五月初八逃到平壤，宣祖才正式公布了這一教書。
壬辰倭亂爆發后，朝鮮軍兵敗如山倒，眼看八道全部淪陷在即，宣祖心虛膽怯，欲渡鴨綠江逃往遼東，表示寧愿死在天朝上國也不愿成為倭人的刀下亡魂。
但“內附”只得都承旨李恒福一人支持，大多數官員如領議政柳成龍、左議政崔興元、右議政尹斗壽等皆反對宣祖的提議。
經過商議，于萬歷二十年（1592）六月決定將朝廷一分為二（分朝），一部分人隨宣祖渡江，其他人則在光海君的領帶下奉宗廟社稷的神主駐守朝鮮。
十八歲的光海君李琿受命“權攝國事”，設立分備邊司，赴前線平安道、咸鏡道、江原道等地撫軍，一路風餐露宿，備嘗艱苦。
李琿收集流散的軍隊和義兵，號召通國勤王，以圖恢復。他的舉措振奮了朝鮮民心軍心，對全國團結一致抗擊倭寇起到很大作用，讓那些認為亡國的百姓重新拾起希望。
隨著明朝大軍的介入，戰局大為改觀，萬歷二十一年（1593）正月，宣祖從鴨綠江畔的義州南下，與光海君會合于定州；二月，宣祖前往嘉山，光海君仍留在定州供奉廟社神主。
四月，日軍撤離漢城，十一月，宣祖與光海君還都漢城。
光海君權攝國事告一段落，分備邊司改稱撫軍司，他又南下三南地區，負責協助明軍、安撫民眾，萬歷二十二年（1594）八月完成任務，回到漢城。
明神宗在萬歷二十三年（1595）封光海君為慶、全軍務總督，并表彰他對抗倭作出的重大貢獻。