此后光海君坐鎮漢城，遙控前線，到萬歷二十六年（1598）終于驅逐所有日軍，光復朝鮮全境。
然而，分朝卻使得宣祖和光海君的關系發生微妙變化。
分朝是一種二元體制，即光海君領導著形式上與宣祖對等的朝廷，因此直接侵害了宣祖的王權。
事實上光海君并無便宜行事之權，事事都要報告宣祖所在行朝，使分朝大受掣肘，宣祖甚至連王世子之印都拒絕頒給，可見他非常忌憚光海君利用分朝架空自己，所以牢牢抓住權力。
另一方面，光海君的分朝與撫軍也使他功高震主、威望大增，宣祖卻威望大跌，不僅國內忠清道人宋儒真試圖率民眾起義推翻宣祖、擁立光海君，就連宗主國明廷內部也有讓宣祖退位于光海君的意見。
對權力非常敏感的宣祖自然將光海君視為潛在威脅，在壬辰倭亂期間（1592—1598），他18次提及禪讓王位或讓光海君攝政，其目的不過是在敲打光海君和群臣，考驗對自己的忠心。
在這種情況下，光海君在戰后的日子注定是難熬的。
壬辰倭亂后，光海君與宣祖關系的緊張程度與日俱增，甚至到了連光海君問安都被拒之門外的地步。
光海君的世子之位沒有一天做安穩過，這是由于他先天的弱點——既非嫡子，也非長子，違背宗法制“立子以嫡”、“立嫡以長”的原則。
宣祖長子臨海君在壬辰倭亂后依舊胡作非為，且他曾被日軍俘虜，更無可能取代光海君；最受寵的信城君則在壬辰倭亂中病死，光海君看似渡過難關，但在萬歷二十八年（1600）七月，懿仁王后樸氏去世，宣祖在兩年后就迎娶禮曹佐郎金悌男之女仁穆王后金氏，并于萬歷三十四年（1606）生下嫡子李?（即永昌大君）。
光海君失去靠山后又增添新的威脅，世子地位更是岌岌可危，朝廷內也圍繞更換世子的問題掀起議論。
其中阻撓光海君的人主要屬于小北派，以領議政柳永慶為首，故又稱柳黨；而支持光海君最力的則是大北派。
在李?誕生后，柳永慶一黨就主張舉行慶賀儀式，得到宣祖的許可，在大多數大臣的反對下，又不得不收回成命。從此事可以看出眾臣在儲君問題上的緊張關系。
除了朝鮮國內的波云詭譎，最令光海君揪心的問題還是宗主國明朝拒絕冊封他為王世子。
自壬辰倭亂到宣祖薨逝，朝鮮先后五次遣使請求冊封光海君為王世子，理由是他賢明且有功于社稷，而長子臨海君則有病且做過俘虜，結果均被明朝方面以違背長幼之倫為由拒絕。
當時明朝也在進行國本之爭，明神宗寵愛次子朱常洵，大臣們則要求盡早立長子朱常洛為皇太子，禮部自然不會同意在藩邦開了立次子的壞頭，所以光海君也受到了明朝內斗的連累。
宣祖亦對奏請冊封世子之事態度消極，還多次制止遣使討封。
得不到宗主國的冊封，成為光海君被宣祖牽制的最大軟肋，同時埋下了他日后不聽明朝調遣的種子。
萬歷三十五年（1607）十月，隨著宣祖的病危，光海君的危機達到頂點。
宣祖在病情稍有恢復后，就下達了傳位于世子的教旨。