先是萬歷三十九年（1611）春，鄭仁弘為了抬高他老師曹植的地位并貶抑南人，上疏攻擊南人的宗師李彥迪（號晦齋）和李滉（號退溪），要求將兩人逐出文廟配享。他的上疏雖未被批準，卻引發儒林的軒然大波，鄭仁弘遭到儒生們的批判并從儒籍（青衿錄）中除名。
光海君大怒，欲追究儒生責任，導致成均館500多名儒生“卷堂”（罷課）示威。在左議政李恒福的勸阻下，所謂“晦退辨斥”的風波最終不了了之。
但大北派經過這次投石問路，開始發起全面攻勢。萬歷四十年（1612）春，大北派誣陷原任官員金直哉及其子金白緘、女婿皇甫信密謀造反，擁立順和君養子晉陵君李泰慶，并牽連包括柳永慶兒子在內的一大批小北派官員。
光海君下令將金直哉等人凌遲處死，并賜死晉陵君，株連430余人，從此小北派一蹶不振，只剩樸承宗、樸自興父子和柳希奮、柳忠立等因為外戚的緣故還屹立朝中。
自從大獄頻繁發生后，光海君就深居簡出、沉湎女色，除了親審大逆罪人外，極少上朝視事，除了受群臣朝賀的大禮外幾乎不出后宮，在位十五年間，召見群臣不過**次，開經筵不過五六次。
光海君雖然初步鞏固政權，但他最大的心腹之患——永昌大君李?還存在。
宣祖亦擔心永昌大君會有不測，臨終前囑咐光海君一定要愛護兄弟，又下秘密教旨，將永昌大君托付柳永慶、韓應寅、韓浚謙、申欽、樸東亮、許筬、徐渻七名重臣，要求他們好好保護。
大北派看透了光海君將永昌大君視為骨鯁在喉的心理，便于萬歷四十一年（1613）又制造了“七庶之獄”（又稱癸丑獄事）。這年三月，從東萊倭館運送數千兩銀子到漢城的商人在聞慶鳥嶺的路上被劫殺，后來查出這是樸應犀、徐羊甲等七人所為。
他們都是兩班官僚（出身西人和南人）的庶子，由于庶孽禁錮法而無法出仕，整天飲酒作詩，發泄對社會的不滿，號稱“江邊七友”，又愛讀中國《水滸傳》，受其影響干起搶劫官銀的勾當。
李爾瞻等趁機唆使他們將矛頭指向永昌大君，稱他們受金悌男（仁穆大妃之父）的指示，劫持官銀作謀反本錢，擁立永昌大君，并讓大妃垂簾聽政。
光海君遂下令逮捕金悌男，將他賜死，還有一個牽連者鄭浹則招供遺教之事。要動永昌大君還得越過宣祖遺教的坎，所以李爾瞻等宣稱宣祖命七臣保護永昌大君的遺教是宦官閔希謇偽造的。
遺教諸臣（柳永慶已死）紛紛上疏劃清界限，但皆被罷官。李爾瞻還不斷請求處死永昌大君，光海君不予批準，最后決定廢永昌大君為庶人，流放江華島圍籬安置，次年被江華府使鄭沆殺害。
與此同時，大北派掀起“廢母”之議，“母”就是光海君的繼嫡母仁穆大妃，她不僅受七庶之獄的連累，還被指控在宣祖臨終前讓宮女對懿仁王后之像施展巫蠱，來給宣祖續命。
所以李爾瞻指使儒生李偉卿上疏，稱：“母后內作巫蠱，外應逆謀，母道已自絕。”
隨后掀起廢母之議。反對者認為無論如何也要對仁穆大妃盡孝道，支持者則強調忠比孝更重要。最后，反對廢母的西人和南人官員被指為“不忠”或“護逆”，幾乎被盡數逐出朝廷，于是光海君初年的聯合政府徹底瓦解，以李爾瞻、鄭仁弘為首的大北派獨占政權。
萬歷四十三年（1615），光海君自慶運宮（西宮）移住昌德宮，而將仁穆大妃幽禁于慶運宮，但沒有廢黜她。
萬歷四十五年（1617）八月，恭圣王后獲得明朝承認，隨后廢母之議再起并達到**，李爾瞻等不僅指使百官宗室780余人“庭請”廢黜仁穆大妃，還組織漢城民眾參與“討逆”，制造輿論。
光海君只是下令貶黜仁穆大妃的尊號，稱之為西宮，并未廢為庶人。
隨著后金的威脅日益嚴重，波及整個朝鮮的廢母鬧劇遂告收場。
在此期間，大北派又于萬歷四十三年（1615）制造申景禧之獄，使定遠君的兒子綾昌君李佺（朝鮮仁祖之弟）成為又一個犧牲品。