至此，光海君王位的威脅者基本被清除。
進入萬歷四十六年（1618）后，朝鮮政治生活的主要內容由“廢母”問題轉移到外交問題。
當時，出身建州女真的努爾哈赤初步統一女真各部，于萬歷四十四年（1616）稱汗，建立后金政權。
萬歷四十六年（1618）四月，努爾哈赤以“七大恨”告天，襲擊明朝撫順，揭開明金戰爭的序幕。
在此前后，明金雙方都在拉攏朝鮮，后金自萬歷四十五年（1617）冬到薩爾滸之戰前至少四次致書朝鮮，開示反明之意，離間明鮮關系。
萬歷四十六年（1618）閏四月，朝鮮方面正準備將“胡書”報告明朝，明朝遼東巡撫李維藩、鎮江游擊將軍丘坦、薊遼總督汪可受要求朝鮮出兵助明的咨文、票文和檄文就接連送來了。
面對明朝的征兵要求，光海君與眾臣意見對立，他認為：“我國三邊防備自守不暇，舉單弱不教之卒，入援天朝，有何所益？”并判斷：“老酋桀驁，雖以中朝兵力，未能必其一舉剿滅”，要求備邊司搪塞明朝，并勸告明朝也慎重對待，自己始終不愿出兵。
而絕大多數大臣都主張出兵以報答明朝再造之恩，同時消滅努爾哈赤也對朝鮮安全大有裨益，包括光海君最重要的支持者禮曹判書李爾瞻和領議政鄭仁弘。
只有黃中允（南人）、趙纘韓（南人）、樸鼎吉（大北）、李偉卿（大北）、樸自興（小北）、任兗（大北）、尹暉（西人）七人不支持出兵，不久之后他們迫于眾議改變立場。
光海君從明朝征兵的環節問題下手，認為李維藩等人只代表遼東當局，不代表皇帝，必須皇帝下旨才能出兵。
他便派使者去北京打探皇帝的旨意，順便呼吁豁免派兵，最差的情況也是只在鴨綠江畔虛張聲勢而不越國境，于是以弘文館校理李埁為赍咨官，將朝鮮的請求報告遼東當局；又以右副承旨樸鼎吉為圣節兼陳奏使，直接入京向明神宗請旨。
此時負責討伐后金的明朝經略楊鎬已經出關，他會見了李埁，讓他向朝鮮國內送去自己的咨文，表示已接到皇帝“鼓舞朝鮮”的旨意，要求朝鮮必須出兵一萬以助明。
樸鼎吉在途中被楊鎬阻止，后來又一路圣節兼陳奏使尹暉來到北京，得到了皇帝要求朝鮮服從楊鎬調遣的圣旨。
光海君回避出兵的最后希望也破滅了。
楊鎬咨文被送到朝鮮后，光海君就已知道無回旋余地，遂調兵遣將，征發三手軍（炮手、射手、殺手）10000人，加上其他人員共計15500余人，以晉寧君姜弘立為都元帥，北兵使金景瑞為副元帥，這對朝鮮而言已是相當精銳的陣容。
萬歷四十七年（1619）二月，朝鮮軍隊開撥渡江，隸屬南路明軍劉綎所部，參與圍剿努爾哈赤的戰爭。
三月初，中路左翼的明軍在薩爾滸之戰中慘敗，主將杜松陣亡。隨即北路明軍也被擊敗，主將馬林單騎逃回開原。
經略楊鎬急忙命李如柏、劉綎撤回，但劉綎已經深入后金境內，三月初四在阿布達里岡中伏敗死，同日朝鮮軍也在深河遭到后金襲擊，金應河以下數千人力戰陣亡，姜弘立則率5000殘兵敗將投降后金。后來有1400余人逃回朝鮮。
深河之戰的結果應驗了光海君的預料，堅定了他推行“中立外交”的想法。此后他在明金兩國間施展縱橫捭闔的外交技巧，多次拒絕或拖延明朝的再征兵請求，對于后金則盡量不刺激，與之進行國書往來。
自努爾哈赤興起以后，朝鮮可謂國難當頭，光海君與朝臣圍繞外交問題發生分歧與爭執，他經常不與備邊司大臣討論就直接通過承政院下達旨意，備邊司曾抱怨道：“臣等當上國征兵之日，不能出一奇策，唯當奉行睿算之不暇，何敢有一毫搪塞之心哉？”