更重要的是，光海君奉行中立外交，在深河之戰后包庇降將姜弘立、一味逃避明朝的再征兵要求，堅持向后金傳達國書，引起包括大北派在內的幾乎全體朝臣的反對，也導致光海君與其支持者李爾瞻一派關系的微妙變化。
本來李爾瞻等在光海君的縱容下，自七庶之獄以來以“討逆擔當者”自居排斥異己，將與金悌男有聯系及反對“廢母”之議的人士幾乎全部逐出朝廷，使大北派獨占政權。
李爾瞻專權自然對光海君的王權構成威脅，甚至在有些情況下到了“王不得自由”的程度；而李爾瞻反對光海君的中立外交，更使他和光海君漸行漸遠。
光海君為此起用有外交才能卻被罷官的西人李廷龜來執行他的外交政策，李爾瞻一派以他是金悌男同黨、反對“廢母”為由勸阻。
光海君斥責道：“金悌男給你們恩惠已經很久了，每次你們要陷害某人，都會搬出金悌男，這些話一點也不新奇，我也聽膩了，你們還是別說這些了！”
并不點名地批評李爾瞻為“宗社之罪人”。
在此情況下，鄭經世、鄭曄、洪瑞鳳、南以恭、李睟光、李貴等反對派官員被解除禁錮，重新登用。
而朝野中推翻李爾瞻的氛圍也越來越濃厚，到天啟元年（1621）慶尚道儒生進京，掀起倒李風潮，控訴李爾瞻專擅政權、舞弊科舉及廢母殺弟等罪行。
盡管光海君沒有處置李爾瞻，但也表現出對他的厭惡。
大北派由此開始式微，西人等反對派獲得釋放并重新起用，為“仁祖反正”創造了條件。
深河之戰的全軍覆沒對于尚未擺脫壬辰倭亂后遺癥的朝鮮來說是相當大的打擊，其影響波及朝鮮八道，其中以平安道尤甚，各郡縣都有數百名戰死或被俘于深河的壯丁，田野荒蕪，徭役也更加繁重。
朝鮮農民因征兵、饑餓而紛紛破產，落草為寇，在漢城和兩湖地區（全羅道、忠清道）尤為嚴重。
然而就在百姓疲敝之際，光海君并未致力于改善民生，而是大興土木，營建宮闕，設分戶曹和調度使，到各道搜刮民脂民膏。
這些官員很多都出身庶孽或賤民，他們往往“橫行列邑，凌蔑守宰”“浚剝黎民，凌辱士族”，使光海君更加喪失人心。
光海君在位的最后一年是非常孤立而缺乏安全感的，不僅是北方后金問題帶來的巨大壓力，國內情況也不容他樂觀。當時“西人切齒，南人含怨，小北非笑”，執政的大北派也與光海君漸生矛盾。
官員們故意抵觸他的命令，光海君要他們辦事到了近乎哀乞的地步，就連御醫也不被信任了。
光海君自己診斷患上火病，可見他的身心已經是極度痛苦。從萬歷四十六年（1618）到天啟三年（1623），光海君先后更換了十一次訓練大將（相當于首都衛戍司令）。他還愛在宮中玩捉迷藏，沒被捉住就高興，被捉住就不高興，眾叛親離的他已經預感到滅頂之災即將來臨。
天啟三年（1623）春，光海君的侄子、定遠君之子綾陽君李倧與西人為主的金瑬、李貴、申景禛、李曙、金自點、沈器遠、崔鳴吉、李適等人合謀，糾集1000多人準備推翻光海君及大北派政權。政變前夜，有個叫李而攽的知情人告密，光海君正在與后宮游宴，竟忽略了此事；領議政樸承宗則認為訓練大將李興立是他的親家，值得信賴，而亂軍不過是烏合之眾，也不在意。
三月十二日深夜，這場被稱為“仁祖反正”的政變爆發，由于李興立已成為政變的內應，所以他按兵不動，政變軍順利入宮，四處放火。
光海君聽到動靜后，對心腹宦官說：“如果是易姓革命的話就會先燒宗廟，如果只是廢立的話那宗廟就無事，你去登高看看。”宦官誤看成宗廟被燒，回來報告光海君，光海君長嘆道：“李家宗廟到我這代就滅亡了啊！”于是倉皇從昌德宮后苑翻墻逃走。