努爾哈赤認為此信內容毫無新意，完全套用明朝的說辭，回信指責，并在萬歷四十八年（1620）連發三封國書，光海君雖力主“胡書不可不答”，卻因明朝差官袁見龍的到來及辯誣徐光啟等的監國朝鮮論而無暇顧及對后金的外交。
天啟元年（1621），后金攻陷遼東，大量遼東難民流入朝鮮境內，努爾哈赤致書光海君，要求歸還遼東人口。光海君與眾臣又經過一番爭論，決定不答復后金國書，只派滿浦僉使鄭忠信出使后金，同時以刺探情報的目的將出使之事告知毛文龍，征得其同意。
九月二十四日，鄭忠信來到赫圖阿拉，揚古利等接見了他，幾乎沒達成什么共識，其禮物也被努爾哈赤退回。
光海君見鄭忠信無功而還，要求回復國書，被備邊司拒絕。
努爾哈赤雖然暫時沒有攻朝計劃，但要求朝鮮必須在明與后金中作出選擇，并交出毛文龍，討厭朝鮮模棱兩可的態度。同年十二月，努爾哈赤送去了口氣更加嚴厲的國書，光海君愈發著急，揚言要把那些主張“閉關絕使”的大臣送去抵御后金。
天啟二年（1622）二月，努爾哈赤在廣寧接見了朝鮮使節河瑞國一行12人，問其為什么不抓來毛文龍時，河瑞國回答明為朝鮮之父，不可抓父親家的人。努爾哈赤失去耐心，說他們是假托修好來刺探情報，將其中10人剜目后處死，剩下兩人刺瞎雙眼，攜帶措辭強硬的國書而回。其后又扣押朝鮮譯官樸葵英與黃連海等人。
接著，后金即將侵犯朝鮮的消息傳來，光海君再也坐不住了，決定無論如何也給后金要回復國書，大臣們雖然被迫同意，但沒人敢署名，最后以“朝鮮國王致書后金國汗殿下”開頭寫了一封國書，質問后金為何虐待來使，并表達善鄰友好之意，命文希賢送去。
盡管光海君破天荒地承認了努爾哈赤的地位，可僅僅如此顯然不能滿足努爾哈赤的要求，他“不受贈饋，不報國書，恐喝多端”，文希賢見了姜弘立一面后空手而返。
翌年朝鮮方面遣使五人，亦被扣押并虐殺。
隨著光海君被廢位，朝鮮與后金的往來也就戛然而止了。
光海君時，延續宣祖末年以來對日本德川幕府修好的政策，于萬歷三十七年（1609）同代表德川幕府的對馬藩簽訂了《萬歷己酉新定約條》，通稱《己酉約條》，對兩國貿易作出了詳細規定。萬歷三十八年（1610），對馬島的第一艘歲遣船來到東萊倭館，朝鮮和日本正式恢復了通商關系。史稱：“倭館開市之初，燕貨自本國流通于萊府，與倭交販，故市利頗盛。”
萬歷四十五年（1617），光海君派遣了吳允謙為正使、樸梓為副使、李景稷為書狀官的回答兼刷還使，回復日本的國書，刷還壬辰倭亂期間的朝鮮被擄人，并祝賀德川幕府平定大阪城，消滅豐臣氏，朝日邦交進一步鞏固。
萬歷三十七年（1609）三月，琉球國中山王尚寧感謝朝鮮救助琉漂流人及表達善鄰友好的咨文通過北京的使臣傳達到朝鮮，約定“自今以往，請結永盟，貴國為兄，敝邦為弟，以弟兄而仰事天朝父母，歡睦聘問，愿與天長地久耳”。并贈送了絹、布、扇子等禮物。
光海君雖然以人臣無私交之義對此來函感到尷尬，但還是決定回禮致賀。
同年因琉球被日本薩摩藩攻陷，此事不了了之。
萬歷四十年（1610）八月，濟州牧使李箕賓、判官文希賢抓獲一艘疑似倭寇船只，奪取船上貨物，處死船上所有人員。據說這艘船其實是前往日本貿易的中國商船（一說安南商船），船上還有一個琉球人，朝鮮人流傳其是琉球世子。
后來朝鮮人發揮這個故事是琉球世子為了贖回其父，滿載國寶赴日本，遇風暴漂流濟州，牧使問其上有何物，世子回答酒泉石、漫山帳，牧使貪圖寶物，要求世子給他，世子不給，遂將世子殺害。世子臨終前作詩：“堯語難明桀服臣，臨刑何暇訴蒼旻？三良入穴人誰贖，二子乘舟賊不仁。骨暴沙場纏有草，魂歸故國吊無親。朝天館下滔滔水，長帶余悲咽萬春。”
光海君得到了李箕賓賄賂的寶物，才免其罪責。
此后，朝鮮多次盛傳琉球即將發兵復仇的消息。
仁祖反正后，仁穆大妃要求在呈給明朝的奏文中加入光海君殺害琉球世子的罪名，但被領議政李元翼勸阻。