烏拉貝勒布占泰得知消息后，立即帶領一萬騎兵趕來攔擊，雙方軍隊擺出了交戰的陣勢。
但這時，舒爾哈齊卻帶著自己屬下的五百人退到了一邊，他不想破壞與姻親的友好關系。只有褚英、代善率軍英勇奮戰，舒爾哈齊只在一邊觀看，他的部下常書、納齊布也沒有加入戰斗。
正是由于舒爾哈齊的消極退避，最后褚英、代善雖然打敗烏拉騎兵，但是沒能給以致命打擊。
舒爾哈齊班師回朝之后，努爾哈赤準備將他的下屬常書、納齊布以臨陣脫逃的罪名處死，以剪除他的左膀右臂同時也是殺雞儆猴。
但是舒爾哈齊的反應十分強烈，說殺他們就是等于殺我，誓不低頭，大有決以死戰的陣勢。最后努爾哈赤為了避免公開的沖突，便做出了讓步。他只罰了常書一百兩黃金，奪了納齊布下屬的人馬，并且從此以后剝奪了舒爾哈齊指揮軍隊的權利，將他排擠出了最高軍事領導層。
萬歷三十五年（1607年），舒爾哈齊的地位一落千丈，變成了一個有名無實的人物，他痛感自己與努爾哈赤勢難并存。
于是，他與長子阿爾通阿，三子扎薩克圖商議，圖謀另立門戶，與兄長分庭抗禮。舒爾哈齊帶著幾個兒子和少數部下來到了鐵嶺東南的黑扯木，在那里伐木建造房屋，開辟新的根據地。而黑扯木臨近明朝的軍事重鎮鐵嶺，可以直接依靠明朝的軍事保護，在他的東面又與烏拉部落接鄰，能隨時得到盟友的援助。
舒爾哈齊開始與努爾哈赤越來越疏遠，轉而靠近明朝了。李成梁看到這一分化女真的大好機會，于是火上澆油，故意挑起矛盾沖突。他上奏朝廷冊封舒爾哈齊為建州右衛首領，這是明朝在遼東地區設立的最高地方軍事長官。
努爾哈赤首先是責令舒爾哈齊放棄自立為王的念頭，在勸說無效的情況下，努爾哈赤斷然采取了強硬措施，于萬歷三十七年（1609年）三月，舒爾哈齊的兩個兒子阿爾通阿、扎薩克圖被努爾哈赤誅殺，部將武爾坤也被處死。
努爾哈赤余怒未消，仍打算將他的次子阿敏處死，只是在皇太極等人的極力求情下，阿敏才逃過一劫，免于一死，不過他的一半家產被沒收。
面對兄長咄咄逼人的姿態，舒爾哈齊失去了繼續抗爭的勇氣。他知道自己的實力遠遠不如兄長，而且他所指望的靠山，駐扎在遼東的明軍，也處在岌岌可危的境地，根本不是努爾哈赤的對手。在萬念俱灰的絕望處境下，舒爾哈齊回到了兄長的帳下。但是這次的努爾哈赤對他不再講兄弟情誼了，舒爾哈齊被囚禁在一間暗室之中，用鐵鎖鎖住，僅有兩個孔穴給他送食物。
萬歷三十九年（1611年）八月十九日，舒爾哈齊在囚禁中死去，時年四十八歲。有一說他是被兄長努爾哈赤秘密殺害的。
正因為皇太極曾經救過阿敏的性命，阿敏這個時候才會冒著觸怒大汗的風險為皇太極說話，將大汗認為的失敗，糾正為只是打平手！
努爾哈赤看了看眾人，并沒有說阿敏對，也沒有說阿敏錯：“你們也都說說話！大家一起看看接下來要怎么辦！？是趁著天地會在遼南立足未穩，接著打他們！還是等一等，等到開春，我們的糧食壓力稍微緩和一些，再打天地會？不過，再等一陣的話，遼南在遼陽城到險山堡的漫長長城修筑，再過兩個月想攻打天地會，可能更加困難！”