林丹汗對內實行統一漠南各部、重樹宗主大汗的權威，對外實行聯明抗金，以挽救危局，竭力維護北元政權和蒙古民族的利益，是比較符合實際的。
但是，林丹汗辜負了北元人所寄于的期望，林丹汗統轄的北元地區，以單一的游牧經濟為基礎，缺乏雄厚的實力，沒有強大的物質力量做后盾，他更無堅實的群眾基礎，諸部各自稱雄，在明與后金的進攻面前，其統治區域內毫無任何的防御部署，只能實行消極的逃跑主義。
林丹汗對內對外政策的錯誤，樹敵過多，必然使他的志向未成而報恨終身。
林丹汗繼位時，蒙古汗權不振已經很久了，漠南的科爾沁、內喀爾喀、土默特、鄂爾多斯諸部各自為政，蒙古大汗只能支配遼河套的察哈爾部，分為浩齊特、奈曼、克什克騰、烏珠穆沁、蘇尼特、敖漢、阿喇克卓特和主錫惕八個鄂托克，僅被漠南諸部奉為名義上的共主。
漠北的外喀爾喀更不承認蒙古大汗為共主，而漠西衛拉特仍然與蒙古帝國為敵。
另一方面，東方的女真族正在努爾哈赤的領導下逐漸走上統一與強盛之路。
因此，林丹汗的處境非常艱難。
林丹汗即位后，面臨汗權衰落、各自為政的局面，著手強化中央集權。
林丹汗把八鄂托克察哈爾分置左右各三土綿，在阿巴海哈喇山中建察漢浩特，用六萬戶剛健之軍加以統治，把持著強勢具備的朝政。
也就是說，林丹汗按照北方游牧民族傳統，將察哈爾本部分為左右兩翼六個區塊，即阿哈固山、竇土門固山、高爾固山、哈納固山、中軍萬戶與阿喇克綽特萬戶。
除此之外，林丹汗還利用“圖們法典”約束諸部。
任命永謝布部的卻熱斯塔布囊為大汗的代表，管理右翼三萬戶蒙古諸部，任命內喀爾喀炒花烏濟葉特部的錫爾呼納克洪臺吉輔助大汗管理左翼蒙古諸部。
林丹汗于1617年在巴林境內的阿巴嘎哈喇山建察漢浩特，作為政治中心，令諸部首領到此朝覲、納貢與議事。
林丹汗篤信藏傳佛教，林丹汗一生熱衷于佛教事業，不僅推動了藏傳佛教在左翼三萬戶地區的傳播，而且為蒙古文化作出了一定的貢獻。
1604年，剛即位的林丹汗就從四世**派駐蒙古地方掌管教法的邁達理呼圖克圖和卓尼綽爾濟等黃教喇嘛的手上，接受了格魯派（黃教）的法戒。
1617年，西藏薩迦派僧侶沙爾呼圖克圖到達蒙古地區，尋找自己的支持者，林丹汗為沙爾呼圖克圖的法術所折服，并封他為國師，并接受深奧密乘之灌頂，于是林丹汗由黃教改信紅教。
狹義上的紅教僅指寧瑪派，廣義上包含了薩迦派和噶舉派。
沙爾呼圖克圖為了取得林丹汗的信任，從五臺山取來元世祖時薩迦派八思巴喇嘛用千金所鑄的瑪哈噶喇金佛，又稱大黑天，為蒙元的護國神。
林丹汗在察漢浩特修建金頂白廟，將金佛供于其中。
林丹汗試圖效仿忽必烈與八思巴故事，利用他與沙爾呼圖克圖之間的關系來樹立自己的權威。
然而適得其反，這加劇了信奉黃教的蒙古諸部的離心，削弱了林丹汗的號召力。
林丹汗西遷后，召集昆噶敖德斯爾、班第達顧實、阿南達顧實為首的33名學者，在1628—1629年間翻譯了108卷《甘珠爾》，并用金字抄寫在藍紙上。
林丹汗組織翻譯《甘珠爾》是對蒙古文化的一大重要貢獻。
林丹汗把傳國玉璽和瑪哈噶喇金佛、金《甘珠爾》視為三**寶。