但蒙古軍隊擔心努爾哈赤的援兵前來增援，便很快撤退。1621年八月，內喀爾喀五部送萬頭牲畜，從努爾哈赤那里贖回了宰賽。
這對林丹汗的威望無疑是一個沉重打擊。
努爾哈赤得到遼、沈以后，圖謀進占廣寧。
當時明朝廣寧巡撫是王化貞，他非常信賴林丹汗，以為林丹汗能出兵4萬相助，并對林丹汗許下1萬兩銀子的嘉獎。
遼東經略熊廷弼則反對一味依賴蒙古，主張強化明軍自身實力。
1622年正月，努爾哈赤大舉進攻廣寧，王化貞倉皇棄城逃竄。
林丹汗先出動1萬軍隊援廣寧，還有2萬軍隊因雪阻未至，但此時廣寧已經失陷。
林丹汗的軍隊轉而守衛山海關，并繼續與明朝約定奪回廣寧后的賞賜，明朝為安撫林丹汗的花費預計達百萬兩白銀之巨。
廣寧之戰后，后金對明朝的攻勢暫時停止，而蒙古內部矛盾逐漸凸顯。
內喀爾喀與后金通婚、盟誓等事，引起了林丹汗的疑心。他嚴厲指責管理左翼三萬戶的大臣錫爾呼納克杜棱洪臺吉管束不得力，甚至懷疑他暗中與努爾哈赤已有聯系，準備對錫爾呼納克杜棱洪臺吉和其他諸臺吉采取必要的措施。
這反而加速了蒙古內部的分化。
本來從林丹汗皈依紅教后，尊崇黃教蒙古諸部已與林丹汗貌合神離，開始自行其是了。
1622年二月，管理左翼三萬戶的特命大臣錫爾呼納克杜棱洪臺吉與林丹汗發生分歧，遂率領三千多戶，投奔遼陽城，歸順了努爾哈赤。
受其影響，1623年正月，內喀爾喀拉巴什希布、索諾木、莽果、**臺吉等也各率所屬五百戶投奔了遼陽城。
此時，烏珠穆沁部翁袞都喇爾子多爾濟車臣濟農與其叔之子塞棱額爾德尼臺吉也因與林丹汗不和，率部投奔了漠北外喀爾喀。
蘇尼特部素塞巴圖嚕濟農、浩齊特部策凌伊爾登、阿巴噶部都思噶爾札薩克圖濟農各率所部，也投奔了漠北。
面臨來自蒙古內部的危機，林丹汗不得不調轉槍口解決損害自己利益的蒙古諸部。
他在自己的貨物被哈喇慎家三十六家多次劫奪并侵占喜峰口插賞貿易的份額之后，“使人講說”，但碰壁的情況下說：“南朝止一大明皇帝，北邊止我一人，何得處處稱王？我當先處里，后處外。”
林丹汗覺得自己的當務之急是解決蒙古諸部侵奪其利益的問題。
當時，內喀爾喀五部雖與努爾哈赤結盟，卻陽奉陰違，仍與明朝通款，同時努爾哈赤要求內喀爾喀斷絕與察哈爾的關系，亦遭到反對，所以努爾哈赤于1623年四月對內喀爾喀發動懲罰性攻擊，殺死了對后金的強硬派——扎魯特部臺吉昂安。
內喀爾喀五部盟主卓里克圖派人找林丹汗，希望一起報仇，但林丹汗并未響應。
這反映了林丹汗不再正面對抗后金、轉而致力于“安內”的策略。
林丹汗要統一蒙古，不能不威脅到蒙古諸部封建主的利益，其中奧巴臺吉領導的科爾沁部與林丹汗的察哈爾部關系最為緊張，同時與后金的來往日益密切，到1624年時干脆拋棄林丹汗，與努爾哈赤結盟。
科爾沁與后金的結盟與之前內喀爾喀不同，內喀爾喀是后金脅迫下的“要盟”，而且由于內喀爾喀的反抗而沒什么效力；而科爾沁則是主動結盟，并明確針對林丹汗，因此科爾沁在林丹汗的統一大業中首當其沖。