此時黃教在蒙古經過數十年的傳播，已經根深蒂固，林丹汗突然改宗，無疑加劇了信奉黃教的蒙古諸部對大汗的離心力，對林丹汗統一蒙古的事業產生不小的阻礙。
林丹汗還沒來得及將統一蒙古付諸行動的時候，東方的努爾哈赤建立后金汗國，對林丹汗與明朝均構成巨大威脅。
努爾哈赤一直在挖蒙古的墻角，努爾哈赤稱汗前后，科爾沁、內喀爾喀等部便與努爾哈赤聯姻。
1618年，努爾哈赤以七大恨告天，發動侵明戰爭，明朝則在翌年的薩爾滸之戰中敗北，遼東岌岌可危。
這時，明朝想到了林丹汗，早在1618年，萬歷四十六年九月，明朝遼東經略楊鎬即提出了“制東夷在先款西虜”的策略，“東夷”指努爾哈赤的后金政權，“西虜”指林丹汗為首的蒙古諸部。
其后戶科給事中應震、山西道御史馮嘉會、兵部尚書黃嘉善等大臣建議“以夷攻夷”，利用林丹汗來對付努爾哈赤，以收“漁人之利”。
不過，明朝最先利用的是靠近后金的內喀爾喀，1619年，萬歷四十七年七月，挾薩爾滸之戰余威的努爾哈赤率軍圍攻鐵嶺，內喀爾喀中最有實力的宰賽（齋賽）率萬人援明，不料抵城時鐵嶺已失守，其后又與后金兵交戰，大敗，宰賽及其二子與巴克、色本、桑噶爾等均被俘獲。
八月，明朝另一藩屏葉赫部覆滅，明廷正式將注意力轉移到林丹汗身上。
林丹汗與努爾哈赤“素無釁端”，但為了攫取明朝的“賞銀”，壯大自己實力，也意圖采取聯明抗金的戰略方針。
1619年秋，明朝派監軍王猷帶著四千兩白銀出使察漢浩特，林丹汗稱病不見，又借口自己手下沒有懂漢字的人，將明朝使臣帶來的諭帖棄置一邊。
然后指使其叔父腦毛大對明使稱“要自舉兵殺奴，然事權在憨，恐難擅舉”，以提高價碼。
最后達成協議，明朝每年賞銀4000兩，翌年提高為40000兩，林丹汗協助明軍守衛廣寧城，領銀之處定于廣寧團山、正安堡等處。
在與明朝結盟之后，林丹汗于1619年十月派遣康喀爾拜虎攜國書出使后金，該國書“詞意驕悖”，林丹汗以“四十萬蒙古國之主巴圖魯成吉思汗”自居，蔑稱努爾哈赤為“水濱三萬女真之主”，警告努爾哈赤不得進犯廣寧。
面對這封國書，后金諸臣怒不可遏，一半人主張斬其來使，一半人主張割下其鼻子或耳朵后放回。
當時努爾哈赤正以鐵嶺之戰中所俘的“奇貨”宰賽為人質，要挾內喀爾喀與自己結盟，因此無暇處理與林丹汗的外交問題。
與內喀爾喀結盟后，努爾哈赤于翌年正月正式回敬林丹汗，在回信中先大肆數落明滅元后蒙古汗廷的困境，又慫恿林丹汗與自己結盟討伐明朝。
林丹汗不予理睬，還扣押了后金使臣碩色烏巴什。
半年后，努爾哈赤聽信內喀爾喀傳來的謠言，以為碩色烏巴什被林丹汗所殺，便斬殺了林丹汗的使者康喀爾拜虎（后來碩色烏巴什逃回后金）。
后金與林丹汗察哈爾部的關系宣告破裂。
林丹汗忍住了努爾哈赤的斬使之辱，因為他連蒙古內部都沒有統一，更遑論對后金作戰了。
盡管如此，為了獲得明朝的“賞銀”，林丹汗必須有所行動。
1621年春，后金占領了沈陽。努爾哈赤留下部分兵力駐守沈陽，指揮其余大部分兵力，準備乘勝攻取遼陽。
林丹汗獲悉該情報后，令管理蒙古左翼三萬戶的大臣錫爾呼納克杜棱洪臺吉率領內喀爾喀卓里克圖、達爾漢巴圖爾、巴哈達爾漢等2000騎兵前往沈陽，營救還在羈押中的宰賽。
錫爾呼納克杜棱洪臺吉所率輕騎到達沈陽城下，與守城金兵開戰。