天聰六年，1632年，翁牛特部歸附。
四月，皇太極再征察哈爾，令喀喇沁、扎魯特、敖漢、柰曼、翁牛特、巴林、科爾沁等部前來會師。
但蒙古各部多不愿與察哈爾交戰。
五月，后金進軍至歸化城，林丹汗南渡黃河，逃往鄂爾多斯。
后金俘獲察哈爾數千人。次年，茂明安部、烏喇特部歸附。
天聰八年，1634年，林丹汗病死于大草灘，察哈爾、克什克騰部眾相繼歸降。
次年，1635年四月，林丹汗之子額哲出降，獻元代傳國璽“制誥之寳”，察哈爾部滅亡。
鄂爾多斯部、歸化城土默特一并歸降。
天聰十年，1636年四月，漠南蒙古各部王公臺吉來盛京朝覲，奉皇太極為蒙古大汗。
皇太極改國號為大清。類似于唐帝對草原地區自稱天可汗。
清主在漢地稱帝的同時，也同時聲稱繼承了蒙古的汗位，并得到了蒙古諸部的背書承認。
但李唐對于草原地區就是簡單冊封部落首領官職，并對部落冠以州名，最后再加以外交制衡，避免出現獨大。
其效果甚至不如明代的經濟制衡，突厥、薛延陀、回鶻、黠戛斯、契丹諸部競相崛起，唐在漠北獲得了一次次的戰術勝利，卻總是換來新的草原之主。
清代另辟蹊徑，構建出了一套針對牧區的地方行政體系，盟旗制，將游牧部落齊民編戶，禁錮在各自的小片土地上。
實質上，是將前代的眾建分其勢的治理原則，予以制度化。
清廷采取了直接統治的策略，稱蒙古大汗，宣稱直接繼承了蒙古帝國法統；奉黃教，籠絡蒙古各部的宗教勢力。
對戰略要點建城并駐軍，由各路將軍統轄。
對蒙古基層采取盟旗制，離散部落、齊民編戶。
盟旗制大體如下清對歸附的蒙古部眾，按盟旗原則重新安置歸附的蒙古諸部，直至全蒙古部眾悉數被納入盟旗體制。
其中，旗是清廷設在蒙古地區的基層行政單位，在法理上是清朝皇帝，也就是蒙古大汗，賜給旗主的世襲領地。
旗經過編織佐領，安置屬民，分給牧地，劃定旗界，通過任命札薩克（執政官）而形成。盟為旗的會盟組織，合數旗而成。
每盟設正副盟長各一人，由清帝派人兼攝。盟長的主要任務是充當三年一次的會盟召集人，履行比丁、練兵、清查錢谷、審理重大刑名案件、監督屬下各旗等職責，但無發兵權。
同時，清代嚴格限制各旗屬民越旗游牧、耕種、往來、婚嫁。盟旗制下，蒙古諸部的經濟基礎實質上已從游牧制轉變成畜牧制，實現了人口土地緊密結合，方便清廷統治。
至此，蒙古舊地被分割成內屬、外藩共計262旗。其中外藩蒙古各旗主的權柄已形同西南土司，而內屬蒙古甚至已經實現“改土歸流”，由清帝直接派遣旗主。
有清一代，牧區再也無法自發形成新的權力中心，或者說，清廷成功把自己打造成了蒙古高原的新核心。
漢武帝大舉討伐匈奴，到匈奴分裂，南匈奴內附，再到匈奴統一，扶植漢奸政權，再到匈奴再次分裂，東漢驅逐北匈奴。兩漢四百年，能比較有效的羈縻南匈奴的歲月合起來都不到一百年。而東漢驅逐了北匈奴，北匈奴的地盤也不過是被鮮卑占據。
而鮮卑，南匈奴，羌人的騷擾一直持續到漢末滅亡為止也未見消停。唐代，搞安倍都護府，狼山都護府，不僅授予漠北各部酋長官職的做法和明代差不多，而且維持時間都不超過三十年。
而唐朝近三百年，其實統治北邊，只有十分之一的時間，并不算成功。
所以在韋爵爺看來，統治蒙古最成功的還真的得算建奴。
建奴在許多管理方面，的確很有天才，他們有自己的優勢，因為他們本身就是邊外崛起的，他們更懂得關外部族都是怎么管理的，都是怎么樣的想法。
不像漢人統治者，一開始都是想的好好的，過不了多久就改變了，或者放松了。