當時這個消息被皇太極知道后，立刻派多爾袞、岳托、薩哈廉、豪格領兵一萬，第三次遠征察哈爾，趁著大霧將額哲的營帳團團包圍。
最后額哲抵抗不住，帶著傳國玉璽向八旗兵投降，蒙古帝國正式宣告滅亡，漠南蒙古也全部被后金降服。
皇太極得到傳國玉璽后，被以額哲為首的漠南蒙古十九個封建主一同尊奉為博格達徹辰汗，也就是說，漠南蒙古人墮落到給自己找了一個滿洲人當大汗。
皇太極成為蒙古大汗后，于第二年將國號從金改為大清，建立了大清帝國。
后來皇太極將察哈爾蒙古諸部分化，分設左右翼察哈爾八旗，封額哲為親王，并將皇女馬喀塔格格嫁給他。
三藩之亂的時候，察哈爾部的首領布爾尼舉兵反清，遭到清軍鎮壓，于是林丹汗的后裔被殺凈。
漠南蒙古也就再沒有與清軍開戰了。
縱觀漠南蒙古被清朝征服的過程，完全就是蒙古人自己不爭氣造成的。
自從明朝將蒙古人趕出中原后，蒙古內部就四分五裂，如仇人一般相互攻擊，結果給了清朝分化蒙古各部，孤立林丹汗的本部的機會。
最終清朝殺絕了正根的黃金家族，蒙古的正統汗權被滿人攫取，蒙古人也就沒有自己民族的大汗了。
比較搞笑的是，蒙古人雖然打不贏滿清，但是在嫁女兒這方面很成功。
清朝前三任皇后都是科爾沁部落的郡主，最有名的就是孝莊皇太后了。
而當八旗子弟墮落之后，漠南蒙古的騎兵部隊就成了滿清統治的絕對中堅力量。
第二次鴉片戰爭時，僧格林沁與英法聯軍在八里橋血戰的部隊，就是科爾沁的蒙古騎兵。
喀爾喀蒙古被瓜分，屬于漠西蒙古一脈的準噶爾汗國與清朝打了70年，歷經康雍乾三朝，清朝人終于征服準噶爾汗國。
漠南蒙古是真正貫徹了清朝“滿蒙一體”政策的蒙古人，屬于滿洲人的合作伙伴。
喀爾喀蒙古和清朝的關系就要差一些了。
漠西蒙古，這一支蒙古人也分為三股勢力。
其中土爾扈特部被準噶爾擠走，流落到了伏爾加河下游定居，后來受到沙俄欺壓，在首領渥巴錫的率領下回到清朝，還有一部分土爾扈特人留在了沙俄。
這一支漠西蒙古人與清朝沒有恩怨，關系比較好。
另外一部分就是和碩特部，青海蒙古和碩特部的羅布臧丹津曾在雍正年間叛亂。
關外的歷史，其實就是蒙古人在元朝滅亡后，窩里斗完，又被滿清剿殺的歷史。
滿蒙一家當中，蒙古人的范圍其實是很有限的。
明朝末年的實際情況是在晚期的嘉靖、隆慶到萬歷三朝時期、大明內閣，還有遼東、薊州邊鎮的軍政主官，都長期把蒙古視為最有威脅的敵人。
而明朝開始注意到建州努爾哈赤的威脅，是遲到萬歷二十八年，1600年才出現的。
在這年，努爾哈赤殺死海西哈達的末代首領孟格布錄，哈達老部長王臺的第五子。
孟格布錄雖然昏聵無能，但是他從父親那里襲承了明朝封賜的龍虎將軍與都督等爵職。
雖然明朝對政治能力低下的孟格布錄也很不滿，但孟格布錄統治哈達時期，同樣堅持王忠、王臺等先輩與明朝積極搞好關系的一貫路線。