到天啟五年，1625年，，司禮監秉筆太監魏忠賢漸有擅權之勢，與朝中東林黨人矛盾日益尖銳，楊嗣昌為躲避政斗漩渦，遂稱病掛冠，隱居家鄉。
其父楊鶴亦被魏忠賢罷官，返鄉與楊嗣昌一起隱居，過著優游林下的生活。
當時，后金侵犯明朝，遼東告急，軍需吃緊，楊嗣昌留心邊事，將他在戶部參與財政管理的經歷編為《地官集》二十卷。
現在韋寶與楊嗣昌見面的這個時間點，就是楊嗣昌父子快要暫時離開大明朝廷的節點。
天啟七年，1627年九月，信王朱由檢即位，是為崇禎帝。
不久后，魏忠賢被扳倒，楊鶴、楊嗣昌父子亦先后被起用。
崇禎帝還未登基時，就看過楊嗣昌的《地官集》等書，贊嘆楊嗣昌的才能。
崇禎元年，1628年，楊嗣昌分巡河南汝州道，加右參政，不久后移霸州道。
崇禎四年，1631年九月遷整飭山海關內監軍兵備道。
此時，他的父親楊鶴因為總督陜西三邊軍務任上招撫流寇神一魁失敗，被下獄論死，楊嗣昌聞訊后三次上疏請求辭職，以代父罪。
結果崇禎帝免了楊鶴的死罪，而改戍江西袁州，然而卻沒有讓楊嗣昌辭職，還多次溫言撫慰，激勵他盡職任事。
翌年五月，楊嗣昌被任命為都察院右僉都御史巡撫山海關、永平府等處地方提督軍務，他在任內整飭防務，修筑山海關兩翼城。
崇禎七年，1634年九月，他被提拔為兵部右侍郎兼宣大山西三鎮總督，赴任后六次上疏陳述邊事，并主張開礦招工以瓦解亂黨，多所規劃，給皇帝的印象是異才可用。
不久后，楊鶴去世于袁州，楊嗣昌回家丁憂，一年后又遭繼母丁氏之喪。
這時，關外滿清入塞大掠，兵部尚書張鳳翼畏罪自殺，崇禎帝決定起復楊嗣昌，遂于崇禎九年，1636年十月下旨奪情，命楊嗣昌接任兵部尚書。
楊嗣昌三疏請辭，崇禎帝不許，他便于崇禎十年，1637年三月抵京赴任，開始活躍于政治舞臺的中心。
此時是1625年年底，楊嗣昌只有三十六七歲年紀，離四十歲尚且有一段距離，也就是說，再過十二年不到，楊嗣昌便將居于高位，影響整個大明的朝政和軍事。
楊嗣昌出任兵部尚書時，明王朝已陷入內憂外患的泥潭中，清軍多次入塞，威脅明朝京師安全。
高迎祥、張獻忠、李自成等幾十萬起義軍在中原流動作戰，更是明朝腹心之患。
楊嗣昌蒞任前的崇禎九年，1636年七月，陜西巡撫孫傳庭在黑水峪大破起義軍，生擒高迎祥，局面有所好轉。
楊嗣昌在守制時關心時局，因此在出任兵部尚書后就已對明朝的未來有了詳細的規劃，加上他熟悉典章故事，工于筆札，富有辯才，每次皇帝召見時，都能思如泉涌，侃侃而談。
與前任兵部尚書的呆滯木訥之狀迥然不同，因此崇禎帝每次召見他的時間都遠遠超過規定時間，對他幾乎言聽計從，甚至驚嘆：“用卿恨晚！”
楊嗣昌對明朝未來的規劃可歸納為三點：一、攘外必先安內；二，足食然后足兵；三、保民方能蕩寇。
其對策主要集中于前兩點。
對于第一點，他認為天下大勢好比人的身體，京師是頭腦，宣、薊諸鎮是肩臂，黃河以南、大江以北的中原之地是腹心。
如今形勢是烽火出現于肩臂之外，乘之甚急；流寇禍亂于腹心之內，中之甚深。外患固然不可圖緩，內憂更不能忽視，因為它流毒于腹心，如果聽任“腹心流毒，臟腑潰癰，精血日就枯干”，徒有肩臂又有何用呢？所以他主張先與清朝和談，穩住京師附近的局勢，專心致志、一鼓作氣的剿滅農民軍。對于第二點，他建議增兵12萬，其中步兵74000人，馬兵36000人，并增加餉銀280萬兩，采取均輸、溢地、寄監學生事例、驛遞四個途徑。于是崇禎帝在他的建議下先后向民眾加派剿餉和練餉。
楊嗣昌所提的三點綱領，都是為了實現他“四正六隅、十面張網”的圍剿計劃來服務的。