天啟二年正月二十八，袁崇煥被任命為山東按察司僉事，山海關監軍。
王在晉到任之后，派遣袁崇煥移駐中前所，那里聚集了很多逃亡的百姓，急需安置。
袁崇煥獨自一人穿過荒野，還是走夜路，天亮之前進了城，士兵們都震驚他的膽量。
王在晉也因此奏請將袁崇煥提為寧前兵備僉事。
但是袁崇煥覺得王在晉的戰守策略與他的觀點向左，兩人爭執了幾次。
寧遠在嘉靖四十三年的時候重修了一次，下轄二所、155座邊臺，駐屯官兵有6814名。
但是那會寧遠的戰略地位不高，開鐵、遼沈至廣寧之后，寧遠城的戰略地位就顯露了出來。
孫承宗派遣祖大壽修補寧遠城不久后，閻鳴泰被彈劾去職，換了一個膽小怯弱的張鳳翼，這家伙跟孫承宗不和。
為了實現戰略規劃，孫承宗加速修筑城堡，派軍駐守，屯田墾荒，然后又大力發展采煤、煮鹽、海運等事業，以充實民力，協助軍需。
經過一系列的整頓，關外形式大大改變。
天啟三年九月八日，孫承宗出山海關，東巡三百里，到達寧遠杏山附近，召集眾將討論防御問題，結果大多數人同意張鳳翼的堅守關內策略，只有袁崇煥堅持守寧遠。
孫承宗力排眾議決定了守寧遠為定策。
于是袁崇煥重新設計，并于天啟四年完工，寧遠城遂成為關外一個重鎮。
而此時平靜了朝廷對于以寧遠衛門戶的策略議論紛紛，尤其是張鳳翼極力反對，他說：“朝廷就是放棄整個遼東，也依然幅員遼闊，你們看大寧、河套都已經放棄，但是對國家有傷害么？現在整個天下都沒有一個人打算光復全遼，孫承宗一個人就能恢復么？”
甚至還說：“樞輔想把我放在寧前這塊荒涼的邊塞，這是要殺了我啊！”他怕的要命，還把妻子送回了老家。
朝廷圍繞山海關與寧遠進行了激烈的辯論，由于孫承宗與袁崇煥的堅持，天啟皇帝最終同意了這一方案。
天啟五年，孫承宗與袁崇煥商議，分別派遣大將據守錦州、松山、杏山、右屯及大小凌河各城，這樣一來寧遠的防御線又向前推進了二百多里，成了“內地”。
不是明朝沒有能人，孫承宗經略遼東四年，重用一大批忠直的文武官員，邊關的防御固若金湯，人心安定，大大扭轉了原先廣寧失守后的頹敗局勢，整體形勢趨于利好。
后金這幾年沒有發動新的攻勢，明朝內部的斗爭卻越演越烈。
把持了權柄的魏忠賢派遣劉朝、胡良輔、紀用等四十五人運送了一批軍用物資與金銀前往山海關勞軍。
在巡視途中的孫承宗立馬給皇帝上書“中使觀兵，自古有戒”。
劉朝等人到了以后，孫承宗僅僅用茶水招待。
劉朝按照魏忠賢的要求，在這次勞軍之行中極力的拉攏孫承宗，但是孫承宗卻對他不屑一顧，這讓“英明”的九千歲十分痛恨。
孫承宗琢磨自己的奏章皇帝未必看到，正好出巡到了薊州、昌平一帶，就想著乘慶賀天啟皇帝生日的機會回京面奏。