神龍元年，秦素剛好四十歲，秦清已經是年過花甲。
秦清登基稱帝，向上追封三代，立白繡裳為皇后，秦道遠為遼王、秦道方為奉王，司徒玄策異姓封王為齊王。不過對于群臣眾將而言，封王都是細枝末節，關鍵在于太子人選，秦清膝下無子，唯有一女，按照常理來說，秦清要么是廣納嬪妃繼續生兒子，要么是選擇從兄弟的子嗣中過繼一子，再就是直接立皇太弟，可是考慮到秦清的年齡，再生兒子也不現實，關鍵是秦素威望太高，功勞太大，于是秦清選擇立秦素為皇太女，秦素則是過繼了二叔秦道遠的幼孫為子，是為皇孫。
如此一來，秦素雖然會以女子之身登基為帝，但皇位傳承還是在秦家男丁之中，不會落到外姓之中，群臣雖有誹議，但也沒有激烈反對。
在秦清稱帝之后，許多府縣幾乎是望風而降，幾有不戰而下之勢。唯有坐鎮西京的張肅卿和秦襄并不響應。
此時天下棋局，只剩下三個棋手，分別是秦素、張肅卿、宋政，已經是進入最后階段。
神龍二載，秦清坐鎮帝京，奉王秦道方坐鎮遼東，防范金帳，秦素親自領兵進逼金陵府。
戰事持續一年有余，直到神龍三載，秦素已經收復錢塘府、廣陵府等重鎮，金陵府成為孤城，宋政棄城出走，不知所蹤，秦素攻克金陵府，曾經鼎盛一時的青陽教終于走向窮途末路。秦素率軍沿江而上，坐鎮白帝城的澹臺云出降，被秦清封為蜀王，也是第二位異姓王。繼而大天師張靜沉請降，秦素允之，仍保留其大天師稱號，加封顯化大真人。
最后，只剩下張肅卿和秦襄，大勢之下，兩人也不得不降。
至此，天下太平。神龍四載，秦清在帝京議功，除去諸王之外，景修、胡良、云承宗、司徒玄略、張肅卿、秦襄等七人封國公爵位。封侯者三十六人，封伯者七十二人。在秦素的建議下，秦清仍舊沿襲前朝舊制，組建內閣，統攝六部，以云承宗為內閣首輔，以張肅卿為內閣次輔。云承宗老邁不堪，只是掛名，實則是張肅卿主事。設立大都督府，景修出任大都督，秦襄出任左都督。
此時的秦清已經年近古稀，無心政事，由秦素監國。秦素開始推行現世中張肅卿的新政，包括針對吏治的考成法，以及針對天下士紳的攤丁入畝和官紳一體納糧制，此舉自然引起無數人反對，秦素任命心腹為青鸞衛都督府左都督，掀起大案，株連達數萬人之多，家產悉數抄沒入公。
與此同時，秦素又修改稅法，增加商稅。
早在大晉年間時，朝廷稅收中商稅所比重已經超過了農稅，每年商稅收入兩千萬貫。不過大魏太祖輕賤商人，大魏太祖下令：“商賈之家只許穿布，農民之家但有一人為商賈者，亦不許穿紗”。又將商貿比同于農田耕作，“凡商稅，三十而取一，過著以違令論。”