六月初六，秦清離開玉青園，由司禮監大太監楊呂引導，從德勝門入，經承天門步入內殿，召見群臣，查看國庫，此時大魏國庫的存銀已經不足百萬。
秦清下令讓戶部尚書秦道遠會同刑部尚書景修，追繳國庫一應欠款以及被貪墨之銀兩，命楊呂清查皇帝內庫銀兩。凡貪墨之人，嚴懲不貸。
秦清又下令：“敢有傷人及掠人財物婦女者殺無赦。敢有哄抬糧價、囤積居奇者殺無赦。重新開放漕運，調糧入京，平抑糧價，敢有從中貪墨私吞者殺無赦。”
秦清第三道命令是清查各部庫存，如兵部、工部等衙門，都有自己的“私庫”，其中牽扯的銀錢都在百萬之數，此事則由秦不二負責。
在秦家的四位門客中，秦不三和秦不四兩人顛三倒四，不堪大用，可秦不一和秦不二卻是頗有才具，完全可以勝任。
最后，秦清委派禮部尚書梅盛林和工部尚書霍四時準備登基祭天大典的一應事宜。
六月十五，秦清在帝京城外南郊舉行登基大典，祭告天地，定國號為“玄”，寓意黑水起源之地和道門的別稱玄門，建元太平，改“載”為“年”，冊封白繡裳為皇后，立秦素為皇太女。
秦清并未大封功臣，他與群臣約定，待到一統天下，開得太平，再行論功行賞。
大玄太平元年，七月初五，秦清頒布《諭中原檄》，以兵部尚書秦襄為大將軍，率軍二十五萬，南下中州、蘆州、楚州、荊州。
如今遼東掌握了遼州、奉州、幽州、齊州、晉州、直隸等地，兩京一十九州已得三分之一，若是能攻取中州、蘆州、楚州、荊州等四州之地，便占據半壁江山，其余地方，傳檄可定。
不過這四州之地，卻并非沒有抵抗之力。當日帝京之圍，共有三路勤王大軍，其中幽燕總督徐載元兵敗身死，全軍覆沒，晉州被玄軍順勢攻占。荊楚總督趙冰玉同樣兵敗身死，不過楚州、荊州、蘆州等地因為距離遙遠的緣故，并未被玄軍攻占，待到趙良庚和燕王逃出帝京，兩人會同秦中總督，于六月三十，擁立燕王世子徐載鈞在江州金陵府登基稱帝，改元永武，繼續沿用“大魏”國號。
徐載鈞登基之后，仍舊以趙良庚為內閣首輔，加封自己的父親燕王為太上皇。
不過秦清不再承認大魏，所以大玄朝廷在徐載鈞等人的稱呼前加上了一個“偽”字，正如當初大魏朝廷稱呼西北大周為“偽周”一般。徐載鈞被稱作“偽帝”、“偽永武帝”，以“偽魏”區分于“前魏”。因為其位于南方，許多人私底下稱其為“南魏”小朝廷。
如此一來，天下間竟是有了三個帝王，分別是大玄朝廷秦清、大魏朝廷徐載鈞、大周朝廷澹臺云，不過明眼人都能看得出來，大玄朝廷占據帝京城，懷有“傳國璽”，兵鋒最盛，已有正統氣象，卻是其他兩家不能相比。
不過南魏小朝廷也有幾分底氣，關鍵在于秦清和李玄都的均田賦之策，雖然得了百姓之心，卻是大大得罪了各地士紳，哪怕道門擊敗了儒門，各地士紳仍舊是同仇敵
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