雖然短暫地平息了水患，但終究不是長久直接，十年之后，水患再度爆發，而且比之前的還要兇猛，人族一時間，損失慘重，而鯀也因此被帝舜給斬首示眾。
鯀死后，尸體中誕生一嬰兒，為乾坤道人的弟子燃燈道人所救，燃燈將禹交由鯀的妻子撫養，而禹在知曉自己父親之事后，決心為父一雪前恥，平定水患，于是東奔西走，尋找治水良策。
三十歲時，禹在涂山遇見了涂山氏之女女嬌，一見鐘情，而后禹與女嬌步入了婚姻的殿堂，女嬌的本家是東夷強大的涂山氏，那時涂山氏尚處于母系制后期，禹只能做上門女婿，“夫從婦居”。
雖說如此，但禹得到了東夷的強大支持，從此有了立業之基，此刻，禹與女嬌夫妻之間正處于甜蜜的時光，好不歡喜，帝舜命人打探禹的事跡，之后不斷有人回報，帝舜也越來越放心。
不過帝舜心中還是有些疑惑，便召來諸位大臣，問道：“上次諸位推舉禹作為治水之人，本帝仔細思考一番，覺得此事可行。不過，本帝卻從未聽過鯀有子嗣，不知是何原因？”
手下有人出列，小心翼翼說道：“傳說禹并非鯀的妻子女志所生，而是鯀死后剖腹而得，如今有共主老師之師兄多寶道人教導。”帝舜聽了，頓時一愣，轉而臉色有些白，半響說不出話來，過了片刻，有些驚訝的問道：“真有如此詭異之事？”
這時，又有一人出列道：“共主不必驚訝，想我人族此類之事也有不少，天皇伏羲乃是母后華胥氏踩雷澤巨印而孕，地皇神農氏則是母后任姒見神龍而孕，這禹生有異象，豈不印證此子不凡？”帝舜聽了，確實如此，便放下心來，于是下詔，命禹前來見駕！
禹正當新婚燕爾之時，卻突然接到帝舜旨意，于是夫妻間依依不舍的告別，禹從此踏上了治水之路，臨行前，禹特意去見了一次老師燃燈道人，當時，燃燈笑了笑，從身上拿出一卷竹簡，遞給大禹，然后說道：“此乃你父親的遺物，如今子承父業，該是由你接手的時候。此次盡管去治水，我會在后相助與你。”
而燃燈也并非沒有準備，又取出二物交到大禹手中，說道：“此二物乃是為師特意為你所煉，斧名開山，可用來疏通河道，引水歸位，棍名定海神針，可用來探查水位，平定大海，望你好生運用。”
大禹在那卷竹簡上見到了父親所遺留的治水心得，結合自己的感悟，得出了‘堵不如疏’的治水名言，于是便起程前往人族都城，朝見人族共主舜。
都城之中，大禹在見到舜之后，便提出了堵不如疏的治水之法，舜聽完大禹的治水之法，大覺可行，當即封大禹為時空，主理治水一事，大禹自然不會退縮，便領下了此職。
禹自得到人皇任命之后，立即與益和后稷一起，召集天下百姓前來協助，他視察河道，并檢討鯀失敗的原因，決定改革治水方法，變堵截為疏導，親自翻山越嶺，淌河過川，拿著工具，從西向東，一路測度地形的高低，樹立標桿，規劃水道。
他帶領治水的民工，走遍各地，根據標桿，逢山開山，遇洼筑堤，以疏通水道，引洪水入海。禹為了治水，費盡腦筋，不怕勞苦，從來不敢休息。
他與涂山氏女名女嬌新婚不久，就離開妻子，重又踏上治水的道路，后來，他路過家門口，聽到妻子生產，兒子呱呱墜地的聲音，都咬著牙沒有進家門，第三次經過的時候，他的兒子啟正抱在母親懷里，他已經懂得叫父親，揮動小手，和禹打招呼，禹只是向妻兒揮了揮手，表示自己看到他們了，還是沒有停下來。
而在開山鑿道的過程中，自然引起了山林之中一些妖族的襲擊，大禹無奈，只能求助于老師多寶道人，于是多寶道人領著截教弟子斬殺驅逐這些妖族，方保大禹治水順順利利。
經過十三年的努力，他們開辟了無數的山，疏浚了無數的河，修筑了無數的堤壩，使天下的河川都流向大海，終于治水成功，根治了水患，剛退去洪水的土地過于潮濕，禹讓益給民眾種籽，教他們種水稻。
而沒了無支祁，大禹的治水也變得極為順利，而有著燃燈這位龍皇身邊的朋友在，也沒有水族趕來找事，數年下來，大禹為了治水，開通了九條山脈的道路，疏導了九條大河，最終將大水引入了大海之中。
大禹治水成功之后，在人族自然有了極大的聲望，甚至超越了當今人族共主舜，一時間，舜對大禹忌憚不已，正如當初禹的父親鯀治水成功一般，所以在水患再度爆發之后，舜便借機殺了鯀。