雖然有朱由檢的穿越亂入，但朱由檢還是篤定歷史上的寧遠兵變仍然不可避免。
據史料記載，崇禎元年七月二十五日，寧遠發生兵變，嘩變首先是由從四川、湖廣調來的部隊發起的，以楊正朝、張思順等為首。
他們先秘密串聯，再集中到廣武營，會盟歃血，率先兵變。接著，事態不斷擴大，影響迅速蔓延，其余十三營起而響應。嘩變的官兵涌入巡撫衙門，將遼東巡撫畢自肅、總兵官朱梅、通判張世榮、推官蘇涵淳等人，從衙門拉出來，加以捆綁，囚于譙樓。
而歷史上的寧遠兵變又是怎么平息的呢？沒錯，是袁崇煥一人平息的，其過程簡直可以拍成一部個人英雄主義電影。
第一步，袁崇煥單騎出關。袁崇煥八月初六日到達山海關，次日就馬不停蹄單騎出關，不帶隨從，馳往寧遠。這充分表現出袁督師的果斷、干練、勇敢與俠氣。
第二步，迅馳入營。袁崇煥到寧遠后，沒有到巡撫衙門，沒有會見同僚，沒有會見朋友，也沒有了解兵變情況，而是“至寧遠未入署，即馳入營”。就是驅騎急進，直入兵營，要取得迅雷不及掩耳的效果。
第三步，攻心為上。“宣上德意，各兵始還營伍”。袁崇煥迅速趕到兵營后，利用原來的威望與情感，安撫士兵，宣撫慰勞，使得騷動官兵各回營伍。
第四步，密定計劃。“崇煥與道臣郭廣秘圖”，就是袁崇煥與掌握實際情況的郭廣等秘密商量，制定計謀，采取措施。
第五步，寬宥事首。袁崇煥“召首惡楊正朝、張思順至膝前，諭以同黨能縛戎首即宥前罪之旨，令報諸逆者名，擒之贖死。二兇唯唯。”寬宥事首張正朝、張思順，先瓦解嘩變官兵上層內部。
第六步，剪除“次惡”。將“次惡”田汝棟等十五人捉獲，“崇煥令郭廣當堂認識，俱當日向前首惡，即令梟示”，將他們戮于市，進行震懾。
第七步，擒叛立功。楊正朝、張思順兩位嘩變的首領，因為“擒叛有功”，經奏報朝廷，將他們“發前鋒立功”。
第八步，分別處理。中軍吳國琦斬首；參將彭簪古受斥責；都司左良玉等四人被黜免；通判張世榮、推官蘇涵淳因貪虐引起嘩變，受到降職斥責；總兵官朱梅解職。
第九步，獎勵祖營。都司祖大樂所率一營官兵，沒有參加嘩變，受到獎勵。
第十步，奏報朝廷。袁崇煥向朝廷詳奏寧遠兵變經過、原因、處理及善后事宜，并得到崇禎皇帝的批準。
這十步走下來，袁崇煥干凈利索、迅速漂亮地平息了這場寧遠兵變，穩定了遼東軍局勢。
而袁崇煥也是通過這一次神操作，充分獲得遼東軍上上下下的信賴，幾乎使得遼東軍成為袁家軍。
但是，袁崇煥這些神操作，大概率是和遼西將門集團聯手主導的自導自演事件，畢竟從結果來看，寧遠兵變后，袁崇煥徹底掌握遼東軍，以祖家為首的遼西將門集團，亦從朝廷獲得大量的好處，朝廷供給的遼餉，從每年五百萬飆升至**百萬，乃至上千萬。
而代價便是整個大明都在為日益高漲的遼餉買單，朝廷財政徹底崩潰，百姓越發民不聊生，再加上西北干旱連年，最終把偌大的大明王朝生生拖垮。
聽到朱由檢言之鑿鑿，聲稱遼東將發生兵變事件，張朝忠不由急道：“陛下，關寧防線關乎京畿安危，倘若生變，建奴再趁機南下，那大明則將陷入危如累卵的境地！”
朱由檢擺擺手，淡淡的道：“你也無須太過擔憂，雖然近段時間以來大明各地烽火連天，但西南的奢安之亂已被四川巡撫朱燮元、石柱總兵秦良玉、四川總兵杜文煥、貴州巡撫王三善等人平定，不日石柱總兵秦良玉將率領一萬白桿兵前來拱衛京師。
西北方面，流賊之亂和秦王之亂亦被洪承疇、盧象升、孫傳庭、楊嗣昌等人平定，不日盧象升、孫傳庭、楊嗣昌將率領兩萬秦軍前來拱衛京師，曹變蛟和茅元儀亦將率領五千勇衛營和一萬新軍回師京城。
再加上朕帶去大同的六萬御林軍亦陸陸續續趕回京城，京城可戰精銳當有十萬以上，即使建奴打破山海關兵臨京師城下，也休想滅我大明社稷。”
不知不覺，朱由檢手里的可戰之兵亦有十萬之眾了，這十萬大軍無疑是他掌握朝政最大的底氣。