“樞相放心，我大明數十萬將士，決然誓死效忠皇上！但有宵小作亂，必然頃刻間將其化為齏粉！”
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從魏忠賢和田爾耕那里不斷得到消息，確認民間反對的聲音并不太大，而軍隊更是忠誠度爆表后，朱由棟的步子一下子邁得更大了。
1629年11月，吏部尚書孫承宗上了《請拆分細化朝廷各部司》的奏章，大明的政體改革，終于進入了實質性的階段。
有句老話怎么說的？經濟基礎決定上層建筑。但是這話后面還有一句話：上層建筑對經濟的發展有重要影響甚至是決定性作用。
大明現有的官制，真要追根溯源，可以追到隋朝。一千三百多年來，中華帝國雖然是在治亂循環的怪圈里反復折騰，但好歹也是螺旋上升的。社會發展到現在，別說穿越者不斷給社會加速了，就算沒有穿越者，這套起源于隋朝的三省六部制，也嚴重的阻礙了經濟的發展。
所以，必須改。唯有在政體上改良了，才能給經濟進一步的松綁，大明的國力才能再次躍升。
在巡游天下三年多的時間里，朱由棟除了和熊廷弼長期通信，反復探討各部法案的修訂外。也和孫承宗反復就朝廷的機構設置反復溝通。不過，到底還是這次的變動實在是太大了，所以即便孫承宗竭力配合，這個事情最終還是等到朱由棟回京后，師徒二人坐在一起，花了五個多月的時間，才最終敲定。
新的政改方案，首先改變的是中央政府的部門設置。
皇帝之下，是內閣、樞密院、都察院、最高法院。四個部門分別掌管行政、軍事、監察、司法。
內閣負責人由某殿大學士、首輔什么的統一改稱為首相，首相有兩個副手，稱副相。首相的權力極大，在民政這一塊，文官五品以下的任免，單筆財政支出在100萬銀元以下者，首相主持召開內閣會議就可以單獨決定，不必再票擬送司禮監批紅——自朱元璋廢除丞相制度，大學士只是顧問和參謀的狀況，到了這里得到了改變。大明的文臣們再一次有了像唐宋的丞相們那般，在一些具體事務上有了獨斷的權力。
這當然是朱由棟在立憲方面得罪了文臣后，拿出來安撫文臣的措施之一。當然，做皇帝這么多年，他也深切的感受到：哲學里的重點論是真理，什么都要管什么都要抓是可以的，但這么做很可能是什么都做不好。適當的放出去一些權力，抓住更重點的東西，才符合取舍之道。
首相與副相之下，是各部尚書。但是現在，大明徹底廢除了三省六部制，而是改為了帶有濃厚穿越者風格的近代政府制度。
吏部拆分為人事部、勞動部。前者掌官員考核升遷任免，后者主要負責社會保障。
戶部拆分為財政部、稅務總局、農業部、工商總局、商務部、審計總署。
禮部拆分為教育部、外務部，專門負責接待外賓的鴻臚寺并入外務部。部分禮部人員與太常寺、光祿寺合并，成立新的禮儀總局，負責國家內部各項典禮的安排籌備工作。
兵部拆分為國防部、兵役總局。以前專掌全國馬政的太仆寺合并入國防部。