刑部拆分為公安部、司法部，部分人員與大理寺合并，成立最高法院。
工部拆分為建設部、重工業部、輕工業部。
以方山科學院為基礎，合并欽天監，新成立科技部。
以方山科學院醫學實驗室為首，合并太醫院，成立衛生部。
詹事府、國子監、翰林院三個機構合并，成立大明政治學院：從此之后，這里就是大明的官員繼續提高的地方。
以張世澤的既有班底為基礎，新成立宣傳部，專掌文化宣傳。全國的報紙、劇團、說書人甚至秦樓楚館的職業女性們全都劃入了宣傳部管轄范圍。除此之外，將逐步的允許民間資本進入傳媒業。
大明皇家銀行繼續保留，但存款貸款的職能要逐步減弱。國家準備再成立三至五家官方銀行，并逐步開放民間資本成立私人銀行。
通政司保留原名，但其職責轉變為內閣的辦公廳。
都察院保留原名，但其職責已經徹底轉變：風聞言事被禁止，糾察官員道德問題被置于極靠后的位置。現在的都察院，獲得了獨立的經費，獨立的調查權，其工作職能主要在于監察百官的履職和經濟問題，另外還承擔政府公訴職責。
錦衣衛保留原名，詔獄繼續保留。不過作為國家情報機關，雖說他仍然保留了一定獨立的司法權，但這種權力，更多是針對被認為可能是間諜的相關人員的審訊。對于官員的一般審訊，只能走法院。
廢除尚寶丞，其掌管、制作印璽的職責，轉入內廷。
內閣首相、樞密使、最高法院首席法官、都察院左都御史四人，是大明大臣的頂端，俱為正一品。
副相、樞密副使。次席法官和右都御史為從一品。
新成立的各部尚書、總局局長，政治學院院長，錦衣衛指揮使，皇家銀行行長等，均為正二品。
按照朱由棟的旨意，在中央政府各部門完成重整后，大明境內的各省、區，以及省下面的州府，除外交、國防、民族事務、干部培訓、國家情報等部門外，其他的，均要按照中央政府新部門的設置，在地方政府里設置相應的部門。
至于縣級政府，限于這個時代的社會發展水平，倒是暫時不用把相應的部門全都也跟著設置齊全。但是縣衙里也要設置相應人員來對接上級政府各廳局的工作。
在這一整套政府架構設置完成后。朱由棟又下了一道圣旨：新機構設置完成后，逐步廢除吏、役，改以全面公務員制度。從天啟十三年開始，國家不再有所謂的科舉，而改以中央政府公務員考試和地方公務員考試！