施瑯雖是一員水師名將，而且淮軍水師軍官大部分都是原鄭家軍水師成員，可是淮軍水師的水兵，水戰的水平卻不如那些海盜。結果雙方在交戰中，淮軍的小船連連中彈，水師官兵傷亡不計其數。“我軍位于下游，敵軍順流而下，我軍不利啊。”李國棟道。
施瑯笑道：“我軍逆水未必不利；敵軍順流而下，未必就有利。他們順流而下，一旦敗了，跑都沒地方跑。”
水戰打了一小會兒，叛軍水師在占上風的情況下卻跑了。
“賊人占優，為何反跑了？”王全問道。
沒等施瑯回答，李國棟就先回答了：“賊人原本就是偷偷摸摸的晚上來偷襲，可是偷襲卻失敗了，再不跑，等我們組織好了，他們想跑就跑不掉了。”
“大帥英明，就是這個道理。”施瑯道。
次日天亮了之后，淮軍水師繼續逆流而上，直奔贛州方向殺去。
這里距離贛州已經非常近了，沿途過去，為了防止在半途中遭到叛軍偷襲，施瑯令十多條巡邏小船和兩條蜈蚣快船在前探路，兩邊岸上，還有李國棟派去的夜不收負責偵察。
淮軍水師一路過去，羅明受的叛軍水師小動作不斷，叛軍在江中放漂雷，讓水雷順流而下，給淮軍水師制造麻煩。除了投下水雷之外，叛軍水師還每天晚上來偷襲，雖然都沒有得逞，可是也攪得淮軍水師官兵夜間無法安心入睡。同時，羅明受還讓高進庫出動精銳家丁，沿著贛江兩岸的山林一路搜索過去，企圖消滅淮軍的夜不收。
施瑯不得不下令派遣小船清掃水雷，這就讓淮軍水師的進軍速度降低了不少。從萬安到贛州短短二百余里路程，淮軍水師走了三天還沒到。
要打贛州，必須水師獲勝，才能利用贛江來運輸輜重物資，運輸攻城重炮。若是水師輸了，就別想攻下贛州。
李國棟的淮軍水師雖然有中西合璧式的大型戰艦，可是那些戰艦噸位大，吃水深，無法進入贛州附近，所以這次進入贛江的水師，只有一些蜈蚣快船、快蟹船、長舟、小舢板和輕型車船之類的小型戰艦。還有一些小船扛大炮的內河炮艦，那些船適合對岸攻擊，但不適合水戰，所以只有水戰打贏了以后，那些內河炮艦才能發揮作用。
淮軍水師終于抵達了贛州附近，同羅明受的叛軍水師展開了一場激戰。
事實上雙方水師實力相當，淮軍水師的大型西式戰艦無法進入贛州，能來的也就四一些小船和快船；對面的叛軍水師因為要陸地運船的緣故，也只有小船和快船；戰船數量上淮軍水師占優，水兵戰斗力方面，叛軍水師占優，雙方旗鼓相當。
淮軍水師雖是逆水，可是在施瑯眼里，逆水未必就是壞事。贛州一帶的贛江水流急，順流而下的叛軍水師很容易出現船速過快而導致陣型混亂的現象，而逆流而上的淮軍水師，在施瑯的指揮下，始終保持整齊的隊形，緩緩的逆流而上，向叛軍水師接近。
反觀叛軍水師，叛軍水師將領羅明受雖然也是一員擅長水戰的將領，可是他是一名海盜，習慣了在海面上作戰，在這種水流踹急的江面上打仗，還是第一次。結果叛軍水師大小戰船沖出來的時候，一下沒有把握好陣型，有些船沖得太快了，有些船又慢了，導致陣型混亂，有不少船只孤軍深入，沖入了淮軍水師陣型內，結果遭到了群毆。
淮軍水師緩緩逆流而上，事實上這些蜈蚣快船、槳帆船和小舢板的航速可以更快的，只是施瑯沒有下令全速航行，而是各船保持速度，維持住五點梅花陣的整齊陣型，一步步緩緩往上游推進。
順流而下的叛軍水師船隊中，有五條快船在順流而下的時候，沖得太快了，結果沖出了己方陣型，一頭鉆入了淮軍水師陣型內。