東漢朝廷的官員分省官、宮官、外官三大系統。
內官、外朝的區分古已有之，而在宮廷之中，皇帝日常起居的區域稱省中（亦稱“禁中”），因此內宮官員中又有宮官與聲官的區分。
在皇帝身邊執役、照顧皇帝日常生活的是宦官，省中的宦者均隸屬黃門令管轄。省內的禁衛工作亦由宦官但任。尚書臺是皇帝的秘書機關，其官署設在宮廷之內、禁省之外。它的主要執掌是管理章奏文書、起草詔令，但實際上政務都由尚書臺代表君主執掌，權力極大。
尚書臺設長官（令）一人、副長官（仆射）一人，下設尚書六人分十八人。
溝通尚書臺與皇帝聯系的官員有侍中、中常侍、黃門侍郎等。
其中，侍中由士人充任；中常侍、黃門侍郎則由宦者承擔。
侍中有事才入禁省，中常侍、黃門侍郎則日常居住在省中，因此，雖然三者之中侍中的級別最高、中常侍次之，但與君主的親密程度，則以中常侍為最。
宮內省外的禁衛工作由九卿中的光碌勛與衛尉負責，光碌勛偏于內，衛尉偏于外。
光碌勛下屬五官、左、右、虎賁、羽林等五名郎將，中郎將以下有中郎、侍郎、郎中等官。光碌勛的禁衛力量是郎官，衛尉的禁衛力量是武裝衛士，所以，衛尉在宮衛事務中的地位相當重要。
外官主要有三宮九卿，他們是中央政府的主要行政官員。三宮指太尉、司徒、司空，他們的品級最高，名義上的職責是輔導皇帝主持國家政務；三公之上還有太傅，其職責輔導皇帝，但不常設。
東漢的實際政務都同屬尚書臺，因此，三公、太傅如沒有“錄尚書事”的頭銜，就是沒有實權的虛職。三公的屬官有長史一名，掾屬、令史、御屬各二、三十名。
其中，長史是三公的主要副手，掾、屬是分管具體事務的部門負責人（掾是正職，屬是副職），除長史由朝廷任命外，其他屬官均由三公自行聘用。九卿是太常、光掾、衛尉、太仆、廷尉、大鴻臚、宗正、大司農、少府。他們各自分管的政務是：太長掌典禮，光碌勛、衛尉掌宮省禁衛，太仆掌皇帝車馬，廷尉掌司法，大鴻臚掌接待諸侯與少數名族，宗正掌皇族事務，大司農掌國家財政收支，少府掌皇帝器用服飾。
九卿各官的長官是卿，副職為丞；其下分設各官管理具體事務，大體以令為正職，丞為副職。
與九卿級別相當的外官（亦稱“列卿”）還有執金吾、將作大匠、大長秋等。其中，執金吾負責宮廷之外、都城之內的治安（都城門另有城門校尉負責守衛），將作大匠負責宗廟殿堂、宮室陵園等土木工程，其副手為丞，下屬的部門負責亦以令為正職，丞為副職；大長秋主管皇后事物。性質與就卿中的少府類似，由宦者擔當。
皇位繼承人太子正式確立之后，有專門隸屬太子的東管宮。其設官大體與政府類似，但分級沒有后者細密。
東宮官職均冠“太子”，如太子太傅、太子少傅、太子家令等。在軍事方面，相當三公的中央高級官員有大將軍、驃騎將軍、車騎將軍、衛將軍，相當九卿的有前、后、左、右將軍，均不常設。其屬官與三公相同，唯在長史之下另有司馬一人，主管軍務；從事中郎二人，職掌參謀，均由朝廷任命。將軍直接領兵的，在部、曲、屯等建置上分別設校尉、司馬、軍侯、屯長等統兵官。