常備軍由中央與地方軍（郡國兵）組成。中央軍中，京師衛戍部隊由城門校尉統領，野戰部隊（北軍）由北軍中侯統領。北軍下轄五個兵種的部，番號分別為屯騎（騎兵）、越騎（特種兵）、步兵、長水（水軍）、射聲（弓箭）。長官為校尉，副職司馬。全軍總數約五千人不到。
北軍平十卒駐屯在京城長管君主宿衛、助理首都治安，發生戰事就成為組建出征步槍隊的核心。地方上的郡國兵經東漢初期多次裁撤、削減，只剩下邊郡與內地關隘的少數駐軍。遇有戰亂，都是臨時募兵或抽調京師北軍出戰。
地方東漢的行政區分為郡（國）、省二級。郡之上還有監察區性質的州。州的長官為刺史（中平五年改稱州牧；京畿地區的司隸部長官特稱校尉），其主要職責是巡察下屬郡國政務，年終遣吏到京城向司徒府匯報（上計），劾奏不稱職的郡國長官。屬官有從事（亦稱掾史）、假佐。從事有治中從事、別駕從事、簿曹從事、兵曹從事、部郡國從事等，均由州長官自行聘用。
治中別駕是州長官的主要助手，在從事中地位最高；簿曹掌文書；兵曹掌軍事，僅在有軍務時設；部郡國從事，每郡國一人，負責糾劾郡國長官、按治郡僚屬，其地位僅次于治中、別駕。
假佐是州長官的低級屬官，主管文書，其中的典郡書佐分管州所屬郡國的有關文書，每郡一人，由郡史輪流充當。郡的長官稱太守（因太守兼領武事，故別稱郡將；州治所在郡的長官稱尹），根據郡的大小、沒惡，太守的級別有中二千石至八百石六級。郡內原設有專掌軍事的都尉，在建武六年之后，邊郡常設，內地大多不設。每郡的都尉，為一至五千人不等。
都尉在一人以上時，在郡之下分設都尉轄區。有時，在不足設郡的地方，亦設置過渡性的都尉區（屬國都尉）進行管理，其性質相當小郡。郡太守助手為郡丞（邊郡為長史），由中央任命。此外，郡府的僚屬有：功曹，掌管郡內一切人事；主簿，掌管文書；督郵，主管糾察屬縣、監管本郡官民；掾、史‘，分曹辦理郡政，掾為正職，史為副職，每曹有辦理文書的書佐。
又設三老，幫助推行政施和教化。郡府僚屬由郡太守自行聘用，其的位以功曹最高，依次為主簿、督郵等。郡都尉的僚屬與太守類似，亦由郡都尉自行聘用。
分封給諸侯王的郡稱國，其行政級別與郡相等。王國的官屬分兩個系統，一是類似于郡官的民政系統，有相（相當太守）、長史（相當都尉），其屬官亦與郡大體相同；一個是管理諸侯王生活、禁衛的官屬，如郎中令（相當光祿勛）、仆（相當太仆）、治書（相當尚書）等。
此外，王國還設有類似于太傅的傅，負責輔導諸侯王，級別等同于王冠相。分管少數民族的使匈奴中郎將、護烏桓校尉、護羌校尉，級別與郡太守相當，其屬官有從事、掾，無定員，根據事務多少而設。
縣的長官為縣令或縣長，級別從千石至三百石不等。下設屬官有；丞一人，管理文書、倉獄；縣尉一至二人，管理治安；主簿、功曹、掾、史，均與官類似；三老，掌教化。
縣的長官由朝廷任命，但州郡也可以過問縣的人事，縣長官或丞、尉出缺又無合適人選的，上級機關可派出屬官或另行任命他人代L縣長官的行政事務，受郡府的監督，每年年終要向郡長官匯報功作（上計），聽侯考核。
分封給列侯的縣稱侯國，其行政級別與縣相等。侯國的官屬也像王國一樣分兩個系統：主管民政的是國相，相當于縣令或縣長，僅負責向列侯交納租，行政上則聽命于郡；列侯的家臣有家丞、庶子各一人（不滿千戶的侯國不置家丞）。
此外，與縣的級別相當的地方行政單位還有道（境內有少數民族的縣）、邑（封賜給公主的縣）及郡所設的鹽官、鐵官、工官、都水官。
道、邑的官屬與縣、侯國差不多，郡在縣境所設鹽鐵工官等，由縣暑調撥屬官理事，不另外設置官屬。縣以下的行政單為有鄉、亭、里，大體是百戶為一里，十里為一停，十亭為一鄉。鄉的長官為秩、嗇夫，令有游徼掌治安、鄉佐收稅、三老掌教化；亭設亭長主管治安，令有亭侯、亭卒；里的長官為里魁。
鄉、亭、里的官員一般由郡、縣等上級機關任免大將軍：戰國時始置，是將軍的最高封號，東漢時多由貴戚充任。
具體名號有建威大將軍、驃騎大將軍、中軍大將軍、鎮東大將軍、撫軍大將軍等等，除驃騎大將軍之位稍低于三公之外，其余均在三公之上。三國時夏侯惇、姜維等人皆為大將軍。大司馬：漢武帝（劉徹）廢太尉設大司馬，光武帝（劉秀）又廢大司馬為太尉，故大司馬即太尉，為掌管軍政和軍賦的最高官職，即全國最高軍事長官。