在鄭和帶走了三萬多水師軍士之后，水師經過擴編，再次達到了十萬名額，具體來說，是十八個衛的規模十萬零八百人。
戰船數量經多年沉淀，尤其是龍江船廠、清江造船廠等諸多船廠發力，不計鄭和所部，此時水師擁有寶船四十艘，大中福船合計七百七十二艘，運糧船四百艘，日常巡查船等合計八百艘。
如何分配船只，事關各部水師強弱與話語權。雖說徐安、杜禹不在武英殿，若分配不公，他們也會鬧到京師。
經過幾個時辰的商討與爭論，朱允炆拍板，最終決定
東海水師，治所北直隸天津港
四個衛兵力，合兩萬兩千四百軍士，分寶船十艘，大中福船一百七十二艘，運糧船三百，其他船只二百。
東南水師，治所福建太平港
七個衛兵力，合三萬九千二百軍士，分寶船十五艘，大中福船三百艘，運糧船二十，其他船只二百。
南部水師，治所交趾愛州港
七個衛兵力，合三萬九千二百軍士，分寶船十五艘，大中福船三百艘，運糧船八十，其他船只四百。
這個方案有一個顯然的問題，東海水師應該是最重要的，反而是劃分之后最薄弱的。原因是朱允炆認為，遷都北平最少還需要六七年，在這段時間里，鄭和率領的船隊怎么也會返回，到時鄭和的船隊將全部并入東海水師，也可以確保京師附近水師力量的絕對優勢。
南部水師的治所也是幾次爭論之后確定的，不少官員認為應該設在廣州，或是陽江，但朱允炆、楊榮、楊士奇等人認為，南部水師的主要使命是控制南洋，選擇在交趾愛州港，即可以確保南洋戰略穩定，也可以確保交趾穩固。
水師三分，實現了水師力量的區域集中，強化了大明對大海的掌控。
就在眾人認為一切都結束的時候，朱允炆出人意料地宣布，龍江船廠是大明的造船中心，大明將沿長江流域，設三座鐵船造船廠，重點推動鐵船制造，其中一座位于太平府，被朱允炆親自命名為馬鞍山造船廠
太平府的鐵礦不小，想要支撐起來鐵船制造，就需要擴大產量。
朱允炆準備借此機會，沿長江一帶，打造一些集群產業，以確保他日遷都北平之后，南京不會快速衰落。
大明想要發展大海，控制大海，南京是一個比較合適的位置，畢竟這里各種材料充分，礦產也多，沒有的材料運輸也方便，而北平那里，多少有些遠了。
鐵船廠的設置，標志著大明冶鐵、鍛造取得了巨大進步，也說明龍江船廠已經掌握了成熟的鐵船制造技術，雖然制造周期有點長，中型福船樣式都需五個月之久，但勝在維護成本低，質量好。鉻礦的開采與應用，被證明有著很好的防腐蝕性，鐵船制造已不成問題。唯一困擾大明的是，北平密云的鉻礦產量有限，跟不上使用。
就在朱允炆發愁的時候，一艘大寶船，三艘中寶船，二十艘大福船的船隊乘著東南風，駛入了交趾洋，補給物資之后，沒有作休整，朝著福建沿海方向前進，直指京師
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