經過了半年的征戰，廣東、福建兩省基本光復，戰事也趨于平緩。在去年，鄭氏集團除了這兩處之外，尚且經營著南直隸的戰場，那里先有定西侯張名振、兵部侍郎張煌言所部的明軍先后于永歷八年的正月和三月進入長江，突破江防，打擊沿江清軍，同時接應可能會如約而至的西南明軍主力。
兩次之后，饒是在崇明屯田，軍中糧草亦是不足。為此，張名振先是到溫州購糧，隨后又南下中左所與鄭成功會面，請援。而為了支援張名振和張煌言在南直隸的作戰，鄭成功派出了忠靖伯陳輝率領五千水師、一萬陸師北上，借助于這支生力軍的戰力來繼續擴大戰果。
九月初六，大軍抵近上海縣城城下，城內百姓“有執梃而阻遏官府者，有包戴網巾者，有訛言惑眾者，有恐喝官府者”，幾如累卵之勢。若非江寧巡撫周國佐火速領兵來援，以屠城相威脅，否則這座縣城便會就此易手也是極有可能發生的事情。
沒能拿下上海縣城，明軍卻也沒有就此返回。艦隊北上崇明，于九月二十六舉行祭江大典，準備進入長江，一時聲勢頗盛。
但是，隨著艦隊的開拔，陳輝所部那邊，由陳輝的旗艦升起了大纛。這是主帥的身份象征，陳輝此舉，是儼然以主帥自居。為此，張名振要求陳輝降下大纛，陳輝則執意不肯，兩人話不投機，艦隊遂于濠頭分裂，陳輝就此率所部南下。
這一遭，陳輝并沒有直接返回福建，而是在浙江海域游蕩，逗留于溫州、臺州、寧波三府沿海。而張名振那邊，到了臘月，也就是江門之戰前夕，突然率領艦隊自崇明出發，進入長江。此次比前兩次又深入了一步，艦隊于臘月十八直抵南京城外的燕子磯，氣勢恢宏的南京城和巍峨聳立的鐘山，近在咫尺！
“橫江樓櫓自雄飛，霜仗云麾盡國威。
夾岸火輪排疊陣，中流鐵鎖斗重圍。
戰余落日鮫人窟，春到長風燕子磯。
指點興亡倍感慨，當年此地是王畿。”
蘇州府常熟縣紅豆山莊，略顯昏暗的書房里，錢謙益誦過了這首詩，旋即點頭稱贊道：“張蒼水的詩，總有一份雄渾氣魄在里面，尋常儒生是比不得的。”
“牧翁言之有理，亦是蒼水久歷軍中，昔年在四明山結寨、而后入衛舟山、再后迎戰虜師、南下閩海，到了今時今日，已有多年了。”
對座的，乃是浙東士人黃宗羲。此人，乃是東林七君子之一的黃尊素的兒子。其父在東林，素來是與汪文言并稱的兩大智囊，閹黨修東林點將錄，其人是為天空星急先鋒山東道御史黃尊素。這樣的人物，等到閹黨在黨爭中大獲全勝，東林群賢成批成批的被投入詔獄之中，其人便被害死獄中。等到了崇禎即位，東林黨反撲，黃宗羲在廷上錐刺許顯純、痛擊崔應元，拔其須歸祭父靈，由此變得了“余姚黃孝子”的美名。
南明以來，黃宗羲先是在復社與馬士英、阮大鉞作難。等到弘光朝覆滅，他便與浙東士人共同參與魯監國朝的建立和維持。再到江上師潰，黃宗羲領變賣家產自行募集的世忠營兵敗乍浦，退入四明山錫杖寺，其部因騷擾百姓而被山民聚眾燒死在寺中，而他當時因事外出才得脫此難。
自此之后，黃宗羲參與過赴日乞師之事，但絕大多數的時間還是處于潛伏狀態，暗地里為明軍搜集情報，聯絡士紳，由此便與錢謙益有了聯系。錢謙益組織抗清，于浙東的很多事情都有黃宗羲的參與，二人相交莫逆，甚至等到錢謙益病故，臨死前還要求黃宗羲為他作墓文，結果還是因為錢謙益的兒子改請了旁人代筆，才沒能成行，但是黃宗羲還是在第二年做了首哀悼錢謙益的詩文，其中“心期末后與誰傳”之句，指的就是他們那些年密謀抗清，但卻不便大肆宣傳的舊事。
“艦隊抵近南京，并且在上元縣的朱家嘴焚擄江西糧船，這已經是多年來王師距離南京最近的一次了。”