無奈之下，只好讓這三萬多清軍北上，以求包抄頭臥山陣地。
但是日軍和清軍的將領都沒有考慮到兩廣軍隊的成分問題。要知道粵省以客家人為眾，這四萬清軍士兵中最少一半是客家人，清廷不幫著臺島抵御日軍就算了，還派他們來助紂為虐。尤其是清軍幾次分散到鄉下說是清剿民團，實際是搜刮鄉里，遇到都是說著客家話的老鄉，初時還下得去手，但是人心都是肉長的，不少有良知的客家士兵都心生不滿。
韋珣在收到近四萬清軍北上苗栗之后，果斷讓枕戈待旦的臺島義勇軍新兵全數出營，在黃土山一帶以兩萬六千人打得這四萬清軍丟盔棄甲，投降者多大三萬。
但是這三萬舊式軍隊韋珣可看不上，統統編作苦力，要么去挖礦要么去給鄉民種地。
清廷也就是為了給日本一個交代，表示不關自己的事，生怕日軍在朝鮮的部隊再次打進遼南；再一個慈禧坐太上皇久了，遇到忤逆的“亂臣賊子”，面子丟了想找回來，借著把義勇軍當雞殺了，號讓國內局勢安穩一點，震懾一下南方懷著小心思的士紳。
如今四萬襄助日本友軍的軍隊盡沒，背負沉重的甲午賠償，清廷可拿不出錢來出兵臺島。
十一月4日，第二師嘗試奪取嘉義的日軍占領的嘉義，在付出數百人的代價無望后，全師繞過嘉義沿著大路繼續步行前進。
第二師仗著自己到了臺中有后勤補給不需要占領嘉義的主導優勢，留下兩個團選了各險要的地方構筑工事牽制嘉義的日軍后繼續前進。
日軍兩個師團都不能攻破大肚山陣地攻入臺北，如果義勇軍再來一個師，打破頭也攻不破防線，日軍急切之下再次發起猛攻，想要爭取在義勇軍援兵抵達前有所作為。
但是久攻不下士氣因為傷亡低落，加上水土不服，日軍的攻勢也就有點外強中干的意思。兩個師團三萬六千人，嘉義去了一個旅團，五個旅團如今只剩下兩萬人，數日猛攻不僅沒有進展反而再度損失三千人。
而義勇軍第一師，經過日軍一個多月的瘋狂進攻，死傷超過一萬兩千，雖然保持著近一萬三千的規模，但是底層連長營長死傷接近七成，團長戰死三分之一。如果不是補充了不少的臺島新兵，恐怕第一師會被打廢。
時至今日，第一師從峴港帶來的士兵一萬兩千五百人，死亡人數達到了七千六百人，可以說是損失慘重。
每次一線陣地擊退敵人之后韋珣下去視察都能看到一個個倒在血泊中或者在塹壕中睡得不知生死的士兵。根據戰損報告，超過三百名士兵是因為連續作戰活活累死在塹壕中的。
從前線換防下來的士兵都是一臉漠然，生死二字對于他們來說不過如此，如果沒有半年的修養和身心輔導，剩下的第一師估計廢了。
第二師十一月8日進抵彰化縣城，日軍最后的反撲結束，在面臨被義勇軍包圍的境地下，再度退回港口。
臺北戰場，自三萬臺島義勇軍新兵剿滅之后馬上前往虎頭山陣地。面對人數優勢以及士氣正銳的四萬人，急匆匆的退回新竹。
局面至此，日軍第二次臺島侵攻作戰宣告失敗。第二師團和第三師團龜縮在臺中港口，日軍第五師團退出苗栗守住了新竹，近衛師團也退到琉球休整。
經此這長達兩個月的激戰，日軍三個師團總傷亡加上水土不服的非戰斗減員達到一萬六千余人，義勇軍總傷亡達到一萬兩千余人。
暫時守住了臺島確實值得高興，可日軍肆虐臺南對于臺島的創傷還需要時間來治愈。經過臺島一群頭頭腦腦的粗略“統計”，被害民眾3W七千人或者更多，若是從日軍登陸臺島算起，死亡人數少說也有十萬，損失的財務房屋糧食價值兩千萬兩白銀。
“清廷羸弱，百姓何辜？恨啊~”坐在大肚山峰頂，韋珣朝著金門方向默默無語。
如今深陷臺島戰爭泥沼，發展二字是暫時不用想的。當初若是安穩在峴港繼續練兵，待到雄兵十萬，席卷兩廣北伐不是難事。
可韋珣深知，手下沒有合格的民政官員，縱然可以輕易奪下南方也無非是另外一種民國罷了，手下的士兵沒有經過強敵的淬煉，外御欺悔只怕傷亡更大。