按照海軍提交的作戰計劃，收復雞籠大約需要十天左右的時間，傷亡預計在三十人左右，可能會出現戰艦遭遇炮擊等情況，但是因為權六神父和切支丹們的出現，戰爭僅僅持續了三天，只有四個人受傷，損失幾乎不值一提。
與微末的損失形成鮮明對比的是收獲，李明勛在權六的陪同下游覽了整個圣薩爾瓦多城，軍需官清點之后，一共繳獲了一萬五千兩白銀左右的西班牙銀幣，但是城堡的倉庫之中儲存著大量的貨物，其中不少是來明國商人手中收購的生絲、瓷器等貴重物品，但是真正占大頭的是鹿皮和硫磺。
這些貨物價值超過了四十萬兩，其中鹿皮的占據了三分之二之多，按照權六神父的說法，這批價值不菲的鹿皮、硫磺和金沙大多來自于多明我教會對附近村社土著的剝削和供奉，大部分用于走私貿易，不光是圖拉等駐扎在臺北的神父，就連菲律賓的主教都牽扯其中，而走私的對象竟然是荷蘭人，在臺北周邊，只有擁有日本市場的荷蘭人才能吃下如此多的鹿皮和硫磺。
李明勛聽了這些消息，頗為有些無奈，這就是教會在西班牙殖民地的力量，事實上，在菲律賓都督區，天主教五大教會是菲律賓最大的地主，掌握著菲律賓百萬教徒中的大部分，那些土著教徒大多成為了教會的農奴。
天主教會就是矛盾，在傳教的時候，傳教士甘冒生命危險，前往獵頭土著的村社調節矛盾，不少人送命，但是當他們的宗教傳播開來，傳教士們又會成為最大剝削者，最殘暴的統治階層。
戰后的第二天，所有的西班牙人，包括神父在內都被送往了大本營，在菲律賓都督區的贖金到來之前，他們會在奴隸營中渡過一段時間，其中大部分人永遠不會出來了，而圣薩爾瓦多城中俘虜的土著奴隸，無論是來自菲律賓還是臺灣，全部送到臺北的奴隸營。
唯一得到優待的就是活下來的二十二個切支丹武士，他們被編列進了開拓營，享受與開拓營軍官一樣的薪餉待遇，當他們戰死、傷退或者完成五年的服役，就會在臺北獲得一片屬于自己的土地。
同一時間向海軍投降的還有港內的澗內社區，這里有大約二百來人，多是來自福建、浙江做生意的華人。
雞籠被改名為基隆港，圣薩爾瓦多城以基隆要塞命名，最終被簡單改造為了海軍主力艦隊的司令部，整個港口也被列為了軍港，正是成為海軍主要艦隊的駐扎地，當然，龜縮在社寮島的西班牙式建筑不能滿足日益擴大的海軍的需求，所以大量的設施也在海軍經費的支持下開始籌劃建立。
返回淡水堡的李明勛接到了臺北行政長官以臺北地方會議起草的一份關于臺北地區原住民處分的工作報告。
按照元老院的規劃，臺北行政長官區被劃定在頭前溪以北的地區，包含臺北盆地、基隆一帶和宜蘭平原，當然還有中央山脈的大片區域。在這片區域內分部著大量的土著村社，還分化為了七八個民族，生番和平埔熟番都有，非常復雜。