與帝國皇帝很爽快的答應了李君威的北美殖民地處置方案不同，北美的戰事卻非常不順利。
一開始，遠征軍南下征討，還是挺順利的，因為中部殖民地多是業主殖民地，比如紐約州，其實就是新約克，而所謂約克就是約克公爵，而這位約克公爵就是詹姆斯二世，而中部殖民地還是有不少天主教徒的，在李君威迫使菲茨詹姆斯同意理查德克倫威爾代管新英格蘭殖民地之后，菲茨詹姆斯以費城為基地，建立了統治核心，略作安頓之后，繼續南下，去占領富庶的南部殖民地。
實際上南部殖民地已經沒有那么富庶了，尤其是最近幾年，南部殖民地單一的熱帶作物種植遭到了來自帝國和巴西、西班牙等國同類商品的直接競爭，南部殖民地主要種植煙草、甘蔗和靛藍，而這些商品同樣在東南亞和東非、南美適合種植，尤其是環繞印度洋地區，隨著蘇伊士通道尤其是蘇伊士鐵路的開通，這些大量經濟作物涌入歐洲，導致這些商品在歐洲的整體價格下降了很多。
雖然英國有航海法案為代表的貿易保護，但也有東印度公司這個漏洞，每年東印度公司都要從帝國購買相當數量的煙草與蔗糖，讓英國內部市場價格也在降低，要知道，帝國種植這些經濟作物的殖民地已經是經營幾十年的，有些索性是帝國本土生產，雖然有運費上的劣勢，但是在質量和技術上卻是遠遠超過的，而安全的環境和更高效率的加工技術更是北美殖民地所不有的，因此最近幾年，南部殖民地的經濟萎縮了不少。
但是菲茨詹姆斯沒得選，在帝國二十八年九月的時候，聯軍分海陸兩支進入南部殖民地最大的城鎮查爾斯頓，但很快就遭遇了反抗，因為菲茨詹姆斯不僅大規模提高稅率，增加稅目，來擴充他的軍隊，而且還實行嚴苛的宗教政策，導致殖民地的英國人紛紛武裝抵抗，而在波士頓戰役之中逃走的菲利普爵士聯合各方，襲擊聯軍。
而最大的失敗發生在了查爾斯頓港，偽裝成港口人員的反抗組織，偷襲了駐泊在港口內的遠征艦隊。這群人用幾艘小艇改造成了桿雷艇，從外部看起來，與普通小艇沒有什么不同，僅僅是船艏有一根木桿探入水底，這根長度超過十米的木桿上綁著一個爆炸物，里面裝填了火藥，采用兩種擊發方式，一種是以火帽為起爆物的觸發引信，而火帽則是向遠征軍的士兵買的。另一種是燧發機改造的拉發引信。
因為水雷的密封問題，五艘桿雷艇最終只有兩艘引爆，還有反抗組織成員參與放火，導致了遠征艦隊的巨大損失。
駿馬級風帆巡航艦颯露紫號被一艘桿雷艇擊中，炸出一個巨大的洞，因為風帆巡航艦沒有水密艙室，戰艦快速進水，被炸死、淹死的士兵達到了十四人。這艘船也因為龍骨受損，失去了修復價值，遠征艦隊僅僅是回收了船上的火炮和蒸汽機，就廢棄了事。
裝甲護衛艦銅墻號被桿雷艇擊中右船舷，好運的是水雷炸在水線下的裝甲帶上，但也導致船殼受損，大量進水，但鐵甲艦的水密艙室救了這艘船，但壞運的也是銅墻號，因為其靠在岸邊，銅墻號遭遇了縱火襲擊，導致船體大部分過火，這艘船原本就是用一艘巡航艦船體改造的，讓船體大量被燒毀，還發生了火藥庫爆炸。但作為動力的蒸汽機卻基本保持完好，最終這艘船也被廢棄，蒸汽機被送往波士頓，被廢物利用，最終被潘名器改造為了一艘淺水重炮艦。
在北美的戰爭之中，發生在查爾斯頓的襲擊軍艦是帝國遠征軍的最大損失，但同樣也是北美英國殖民者反抗組織的最大損失。因為這場襲擊，帝國只是損失了兩艘軍艦罷了，對于強大的帝國來說微不足道，但反抗組織卻損失了最有威望的統帥菲利普爵士。
倒不是菲利普爵士死于襲擊，而是死于襲擊的后續反應。
襲擊者使用的桿雷艇是菲利普爵士親自參與改裝的，以劃槳為動力，以固定在水下長桿上的水雷爆炸物為攻擊手段。問題在于，菲利普爵士耍弄了些手段，他告訴制造桿雷的工匠，這種小艇會在爆炸攻擊之前，船員提前撤離。又欺騙參與攻擊的船員，十米長的長桿和水雷里的黑火藥數量配合，足以保證大家的安全。結果卻是兩頭騙，兩艘襲擊成功的桿雷艇，在爆炸的瞬間，所有劃槳的船員都被劇烈的爆炸炸死，有些人尸骨無存。