此后百余年間，唐朝也曾多次與吐蕃發生沖突，但隨著其的衰落實力大不如前，基本處于守勢。直到唐代后期，吐蕃發生分裂，后來宗教勢力和政治集團結合，形成了噶丹派、噶舉派、薩斯迦派、伯木古魯派、搽八里派等，它們各據一方，互相征伐，持續了近四百多年。
直到十四世紀蒙古人崛起，在窩闊臺進攻宋四川的時候，蒙古軍進入了吐蕃東北部地區，征服了一些部落。后召請最有影響的宗教首領之一薩斯迦派首領薩班到涼州，議定歸附條款吐蕃各地世俗首領官仍原職任命薩斯迦首領為達魯花赤，賜金、銀符各地編出籍冊，開列官員姓名、俗眾人數和貢賦定額，由朝廷遣官與薩斯迦官員共同征收國賦。
在薩斯迦派的帶動下，烏思、藏、納里諸地歸附了蒙古
。其他地方仍散布著不少未降服的部落，因此蒙古繼續出兵征服。忽必烈南征大理，取道于今四川西部的吐蕃之地，渡過大渡河，直抵金沙江，順道收服了這一帶的許多吐蕃部落。其后，蒙古軍不斷進兵朵思麻、朵甘思地區，先后把這一帶零星部落收歸治下。
后來忽必烈頒布藏文詔書，肯定八思巴宗教上師的地位，重申自己皈依佛法。蒙古承認并支持薩迦派在吐蕃的領袖地位并以佛教為國教，而薩迦派則承認蒙古對吐蕃的統治并接受蒙古的管轄。吐蕃的其他教派勢力，也相繼向蒙古統治者表示忠誠，以取得蒙古朝廷的支持。
元在西藏清查民戶、設置驛站、征收賦稅、駐扎軍隊、任命官員，并將元朝刑法、歷法在西藏頒行。任用藏族僧俗擔當從中央到地方高級官吏。烏思藏、朵甘等地行政機構之設裁及官員的任免、升降、賞罰，皆聽命于元廷。
至元元年，忽必烈定國號為元，下詔設立總制院，掌管全國佛教事宜和吐藩地區軍政事務。烏思藏、朵甘等地成為統一的多民族的大元帝國的一部分，西藏地方從此正式納入中國中央政府的直接管轄之下。
如此而言，吐蕃已經是蒙元的屬地，而今趙昺滅了蒙元，也是要繼承其的國家遺產。他若是就此放棄，導致吐蕃自此分裂出去，必將被后人唾罵。可是讓他現下派兵收復，那真是有心無力，且拿到手也毫無價值，更會成為國家的包袱。
“陛下，吐蕃地處偏遠，物資匱乏，比之瓊州還不如。且中原人對那里氣候極不適應，勞師遠征必會造成極大的傷亡。不若緩緩圖之”陸秀夫看皇帝躊躇不語，一時間難以定奪，出言建議道。
“陛下，我朝連年征戰，當下又分兵兩線作戰。攻破大都后也許休養生息，又要防備草原余孽的侵擾，準備遠征塞外。若是再用兵吐蕃，國力實在難以支撐多線作戰，臣以為陸相所言極是，待平定西北和草原，中原穩固后，再圖之”江璆也附議道。
“此議不錯，但若吐蕃不平，則西域不同，西北不安啊”趙昺點點頭，嘆口氣道。
他當然清楚面臨的困難，第一點就是地理問題宋朝是在中原的，軍隊里的兵也都是平原兵，而吐蕃是在高原的。上過青藏高原的朋友肯定知道高原反應是什么感覺，呼吸困難、渾身無力，走幾步就得停停，嚴重一些的還要得水腫。而這也是中原王朝幾乎沒有在高原用過兵的原因之一。