多槳船采用的是沙船底兒，而沙船的縱向結構采用的是扁龍骨，從而使縱向強度得到加強。雖然這種平板龍骨相對還是比較弱，但龍骨貫串首尾，結構強度仍比其他同級航海帆船要大；其橫向結構則是采用水密隔艙的工藝，它是由底部和兩舷肋骨以及甲板下面的橫梁環圍而構成的一層水密艙壁。
使用水密隔艙這種工藝和技術就大大增強了船的抗沉能力，特別是加大了船體的橫向強度。船中部以前的艙壁都安裝在肋骨之前，中部以后的艙壁就裝在肋骨之后。這種安裝方法可以防止艙壁移動，使船舷與艙壁板緊密地結合在一起，牢固的支撐著兩舷，這就增強了船體的橫向強度這樣，使整條船縱橫一體，抗沉性較好。
另外沙船結構上還有許多優點，它的甲板面寬敞、型深小、干舷低，并采用大梁拱，使甲板能迅速排浪；船艉有出艄便于安裝升降舵，也便于操縱艄篷；舵面積大又能升降，出海時部分舵葉降到船底以下，能增加舵的效應，減少橫漂。遇淺水則可升起，防止觸灘；底板和舷側板分別采用兩重或三重大板搭接，結構，形成魚鱗式并以釘榫連接，使整體更為堅固，比朝鮮的嵌接法更為先進。
再有沙船船身扁闊，截面近似橢圓形，加上u形船底，提高了整體穩定性，使其具備作為火炮發射平臺的特質。而由于船的堅固性和抗沉力增強，就可以增設船桅、船帆。船體結構的良好的適航性使改造具有了可行性。當然其也因為這些特殊結構，也使船的巡航速度要低于v型船底的海船，不適于在遠海航行的缺陷，但整體而言還是符合當前的需要，畢竟世界上沒有完美之物
戰船是專為作戰而設計制造的，龜船同樣如此，趙昺的改造同樣要在保證戰船具有較好的適航性能、操縱性能和較高的速度的同時，保證龜船自身具有的優勢，并在此基礎上有所提高才能算是成功。
蒙古人是馬上得天下，崇尚進攻和擅于近戰是他們最大的優勢。而宋軍最為擅長的防守反擊，首先憑借高墻壁壘和如林的長槍，密如猬刺的箭雨擋住敵軍的進攻，然后再考慮對敵進行反擊。這在陸軍占據絕對優勢的時代，水軍還只是一個輔助兵種，不可避免的受到陸軍的作戰思想的影響。
龜船的基本設計初衷正是為避免當今水戰中盛行的接舷戰的作戰方式，不以敵進行面對面的白刃戰，而是最大幅度的發揮遠程火器優勢，打亂敵人的進攻陣型，再利用撞角擊傷擊沉敵艦。趙昺就是要在保持這種設計思路下進行保持和創新，以免將龜船移植到這個時代而水土不服。
在防護力上多槳船舷板采用的是搭接方式制造，從龍骨到舷側有船板十四行，一到十行是兩層船板疊合，十一到十三行是三層船板疊合，三層總厚度達到十八厘米，且還可以根據需要進行加厚，最多可達六層。而龜船雖然采用朝鮮人發明的嵌接法施工技術，也只使其舷板總厚度達到四寸，約合十二厘米，但即使是這種厚實程度，也使得日軍的火槍大銃，全完無法射船龜船的船體。
從中可以看出多槳船的舷板要比龜船原型厚實很多，可最原始的火槍大銃的威力也要比現代的弓弩大得多，多槳船即使不再進行加固的狀態下也足以抵御現今的弓矢。而趙昺清楚事實上，在開花彈發明之前，十八、十九世紀的火炮在轟擊木質戰艦時也很難擊沉敵艦，但在宋元交替之際還有真正意義的火炮投入實戰。
頂部趙昺覺得應該改為穹頂式結構，這樣便可以增加垂直受力，畢竟現在大型戰船上已經普遍裝備了拋石機，那東西雖然準確度差的很，唬人的架勢大于實戰意義，但難免有瞎貓碰到死耗子的時候，有所準備總是好的。而背部加裝貼甲片，安裝防止敵人跳幫的鐵錐那是必不可少的，另外防火措施也是必須的，具體使用何種方式趙昺還沒有最終確認，這還需經過實驗后再決定。